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- PDB-2hyj: The crystal structure of a tetR-family transcriptional regulator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyj
タイトルThe crystal structure of a tetR-family transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor
要素Putative tetR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / tetR / HTH DNA binding motif / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of a tetR-family transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9033
ポリマ－21,7671
非ポリマー1362
水2,288127
1
A: Putative tetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Putative tetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8066
ポリマ－43,5332
非ポリマー2724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.864, 82.678, 178.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

21A-214-

HOH

31A-313-

HOH

詳細This protein exists as dimer. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: 1-x, 1-y,z

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要素

#1: タンパク質 Putative tetR-family transcriptional regulator


分子量: 21766.691 Da / 分子数: 1 / 断片: HTH DNA binding motif / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: GI:32141251 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CJS4
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na Hepes, 0.2M Calcium chloride, 28% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→89.4 Å / Num. all: 12463 / Num. obs: 12388 / % possible obs: 99.43 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 18.04
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 924 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 9.673 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 635 4.9 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1939 12388 99.43 %-
all-12463 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.042 Å0.035 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1474 0 6 127 1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9692031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9725192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13822.67671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56115251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1171519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4790.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7171.5986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21921509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3513578
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8364.5522
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 34 -
Rwork0.21 824 -
obs-858 92.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.043 Å / Origin y: 29.706 Å / Origin z: 30.002 Å
111213212223313233
T-0.1146 Å2-0.0102 Å20.0107 Å2--0.0966 Å20.0107 Å2---0.1208 Å2
L0.6923 °20.0857 °2-0.0582 °2-1.8241 °20.1885 °2--2.7763 °2
S0.0523 Å °0.1832 Å °0.0588 Å °0.1456 Å °-0.0702 Å °0.0001 Å °0.308 Å °-0.0421 Å °0.0179 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 509 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1AA51 - 10051 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 150101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION1AA151 - 200151 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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