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万見
- PDB-2hw6: Crystal structure of Mnk1 catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hw6
タイトルCrystal structure of Mnk1 catalytic domain
要素MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / drug design / mnk1 / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Spry regulation of FGF signaling / regulation of translation / peptidyl-serine phosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Spry regulation of FGF signaling / regulation of translation / peptidyl-serine phosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jauch, R. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Mitogen-activated protein kinases interacting kinases are autoinhibited by a reprogrammed activation segment.
著者: Jauch, R. / Cho, M.K. / Netter, C. / Schreiter, K. / Aicher, B. / Zweckstetter, M. / Wahl, M.C.
履歴
登録2006年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 165-205 IN UNP Q9BUB5 ARE VARIAN AND ARE MISSING IN ISOFORM 2 AND ISOFORM 3.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1484
ポリマ－68,9562
非ポリマー1922
水2,486138
1
A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5742
ポリマ－34,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5742
ポリマ－34,4781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.468, 93.468, 175.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細the asymmetric unit contains 2 molecules the biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / MAP kinase signal-integrating kinase 1 / Mnk1


分子量: 34478.141 Da / 分子数: 2 / 断片: Mnk1-KR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK1, MNK1 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BUB5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98008 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 19844 / Num. obs: 18256 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AC3

2ac3


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 20.494 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.77 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25701 937 4.9 %RANDOM
Rwork0.20666 ---
obs0.20911 18206 69.61 %-
all-19844 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 10 138 3963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.9625262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5595469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15924.309188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79215701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5261522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22649
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5441.52414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99923787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.96431672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6694.51475
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 10 -
Rwork0.333 161 -
obs--8.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7003-0.0818-1.27181.1868-1.01533.25410.0028-0.0257-0.13630.0287-0.1043-0.06930.1897-0.02930.10150.0155-0.0066-0.0036-0.05220.0147-0.074110.044843.313877.9509
22.20861.4335-0.80812.274-1.03072.5137-0.070.07970.00040.2016-0.0659-0.061-0.22850.12940.13580.0007-0.0027-0.0502-0.06530.0313-0.098822.988459.560963.2522
31.4476-0.88510.11252.33920.63324.39250.1021-0.0007-0.0003-0.023-0.08760.1564-0.1103-0.5448-0.0145-0.02550.06260.0230.0680.0312-0.1338-8.219453.024588.7415
41.74160.0016-0.74163.79471.26114.25420.04910.18530.22480.0868-0.0196-0.1527-0.9273-0.2387-0.02950.32390.14790.0469-0.16150.0451-0.1572-2.584871.5799102.9145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA39 - 1275 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2AA128 - 19694 - 162
3X-RAY DIFFRACTION2AA223 - 260189 - 226
4X-RAY DIFFRACTION2AA290 - 335256 - 301
5X-RAY DIFFRACTION3BB40 - 1276 - 93
6X-RAY DIFFRACTION4BB128 - 19694 - 162
7X-RAY DIFFRACTION4BB221 - 260187 - 226
8X-RAY DIFFRACTION4BB299 - 334265 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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