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万見
- PDB-2hvh: ddCTP:O6MeG pair in the polymerase active site (0 position) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hvh
タイトルddCTP:O6MeG pair in the polymerase active site (0 position)
要素
  • 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'
  • DNA Polymerase I
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase I / DNA replication / Klenow fragment / Protein-DNA complex / O6-methyl-guanine / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...: / DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / DNA polymerase 1 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.492 Å
データ登録者Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The structural basis for the mutagenicity of O6-methyl-guanine lesions.
著者: Warren, J.J. / Forsberg, L.J. / Beese, L.S.
履歴
登録2006年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE ...SEQUENCE THE DNA POLYMERASE GENE WAS CLONED FROM AN ORGANISM THAT WAS CLASSIFIED AS A THERMOSTABLE STRAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS BY RIBOSOMAL RNA SEQUENCING. HOWEVER, THIS PARTICULAR GENE HAS MUCH GREATER HOMOLOGY WITH THE ANALOGOUS GENE FROM GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS, UNP ACCESSION, Q5KWC1_GEOKA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'
C: 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'
F: 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
A: DNA Polymerase I
D: DNA Polymerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,33818
ポリマ－145,8196
非ポリマー2,51912
水5,008278
1
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'
C: 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
A: DNA Polymerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,38810
ポリマ－72,9093
非ポリマー1,4797
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'
F: 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
D: DNA Polymerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9508
ポリマ－72,9093
非ポリマー1,0415
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.060, 109.390, 151.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains two complete biological assemblies, each of which consists of a DNA polymerase, two DNA strands, and an incoming ddCTP + Mn.

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(DDG))-3'


分子量: 2675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer strand
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*A*TP*(6OG)P*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4030.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA template strand

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AD

#3: タンパク質 DNA Polymerase I


分子量: 66202.945 Da / 分子数: 2
Fragment: residues 299-876 (analogous to E. coli Klenow fragment)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: polA / プラスミド: PUC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5KWC1, UniProt: Q45458*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 287分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 55% saturated ammonium sulfate, 100 mM MES, 2.5% MPD, 10mM MnSO4, 10mM MgSO4, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2MPD11
3MES11
4MnSO411
5MgSO411
6H2O11
7MnSO412
8MgSO412
9ammonium sulfate12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.492→47.298 Å / Num. all: 54569 / Num. obs: 54569 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.492→2.63 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured all: 36059 / Num. unique all: 7420 / Rsym value: 0.414 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 2HHW

2hhw


解像度: 2.492→47.298 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 10.804 / SU ML: 0.236 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2765 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.204 54569 --
obs-54529 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.492→47.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9310 810 150 278 10548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2692.09114429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.66251160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04624.205459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.757151752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.651576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.34691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.57158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5753
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.373
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4721.55958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82229352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06635433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8214.55076
LS精密化 シェル解像度: 2.492→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 196 -
Rwork0.303 3294 -
obs-3490 86.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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