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万見
- PDB-2hur: Escherichia coli nucleoside diphosphate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hur
タイトルEscherichia coli nucleoside diphosphate kinase
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / TYPE II TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Moynie, L. / Giraud, M.-F. / Georgescauld, F. / Lascu, I. / Dautant, A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The structure of the Escherichia coli nucleoside diphosphate kinase reveals a new quaternary architecture for this enzyme family
著者: Moynie, L. / Giraud, M.-F. / Georgescauld, F. / Lascu, I. / Dautant, A.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1995
タイトル: Nucleoside diphosphate kinase from Escherichia coli
著者: Almaula, N. / Lu, Q. / Delgado, J. / Belkin, S. / Inouye, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of Myxococcus xanthus nucleoside diphosphate kinase and its interaction with a nucleotide substrate at 2.0 A resolution
著者: Williams, R.L. / Oren, D.A. / Inouye, S. / Inouye, M. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined X-ray structure of Dictyostelium discoideum nucleoside diphosphate kinase at 1.8 A resolution.
著者: LeBras, G. / Lascu, I. / Lacombe, M.L. / Janin, J.
履歴
登録2006年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,67812
ポリマ－92,1016
非ポリマー5766
水12,917717
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7858
ポリマ－61,4014
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7858
ポリマ－61,4014
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
3
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8934
ポリマ－30,7002
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PQS
4
E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8934
ポリマ－30,7002
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PQS
5
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8934
ポリマ－30,7002
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.904, 76.095, 104.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-261-

HOH

21B-296-

HOH

31B-297-

HOH

41C-219-

HOH

51E-303-

HOH

61F-280-

HOH

71F-323-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / E.C.2.7.4.6 / NDK / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 15350.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ndk / プラスミド: PJC20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A763, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, 25% PEG 4000 0.1 M SODIUM ACETATE/ACETIC ACID, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 107 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→38.05 Å / Num. all: 108681 / Num. obs: 108681 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB FILE 2NCK

2nck


解像度: 1.62→38.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2343463.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 5451 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.196 108681 --
obs0.191 108681 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.0217 Å2 / ksol: 0.368627 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å23.96 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6492 0 30 717 7239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 894 5 %
Rwork0.263 16974 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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