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- PDB-2huo: Crystal structure of mouse myo-inositol oxygenase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2huo
タイトルCrystal structure of mouse myo-inositol oxygenase in complex with substrate
要素Inositol oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-substrate complex / HD domain fold
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol oxygenase / inositol oxygenase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol catabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / inclusion body / ferric iron binding / NADP binding / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol oxygenase / Myo-inositol oxygenase / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / HYDROXIDE ION / Inositol oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD from multiple crystals / 解像度: 2 Å
データ登録者Brown, P.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Dickson, J.M.J. / Cooper, G.J.S. / Loomes, K.M. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of a substrate complex of myo-inositol oxygenase, a di-iron oxygenase with a key role in inositol metabolism.
著者: Brown, P.M. / Caradoc-Davies, T.T. / Dickson, J.M. / Cooper, G.J. / Loomes, K.M. / Baker, E.N.
履歴
登録2006年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8716
ポリマ－33,5161
非ポリマー3555
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.602, 77.202, 85.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inositol oxygenase / Myo-inositol oxygenase / Aldehyde reductase-like 6 / Renal-specific oxidoreductase


分子量: 33515.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Miox, Aldrl6, Rsor / プラスミド: pPro EX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) pRP / 参照: UniProt: Q9QXN5, inositol oxygenase

-
非ポリマー , 5種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物 ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル


分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Unbuffered 4.4M sodium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12101
22101
32101
42101
1,2,3,41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911.7389
シンクロトロンESRF ID2921.0062
シンクロトロンESRF ID2931.0719
シンクロトロンSSRL BL9-240.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年9月25日cylindrical grazing incidence mirror
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年9月25日cylindrical grazing incidence mirror
ADSC QUANTUM 2103CCD2005年9月25日cylindrical grazing incidence mirror
MARMOSAIC 325 mm CCD4CCD2006年2月10日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.73891
21.00621
31.07191
40.97951
反射解像度: 2→44.6 Å / Num. obs: 20619 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 23956 / Rsym value: 0.951 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: SAD from multiple crystals
開始モデル: NONE

解像度: 2→57.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 16.197 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS parameters / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25627 1057 5.1 %RANDOM
Rwork0.20377 ---
obs0.20641 19516 99.94 %-
all-20619 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å20 Å20 Å2
2---3.72 Å20 Å2
3---5.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2116 0 18 151 2285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.9442994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9435257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78123.839112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.95915343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7881510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3220.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2450.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.51325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26822088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38531035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0754.5906
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 71 -
Rwork0.298 1429 -
obs-1429 99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.229 Å / Origin y: 19.011 Å / Origin z: 25.872 Å
111213212223313233
T-0.039 Å20.0034 Å20.0367 Å2--0.247 Å2-0.0155 Å2---0.1889 Å2
L4.6834 °2-3.0219 °20.5119 °2-11.3388 °2-0.7943 °2--0.0789 °2
S-0.3153 Å °-0.2369 Å °0.0944 Å °1.1574 Å °0.3371 Å °0.2503 Å °-0.0456 Å °0.0482 Å °-0.0218 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 285
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 305
3X-RAY DIFFRACTION1A307 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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