[日本語] English
万見
- PDB-4y0t: Crystal structure of apo form of OXA-58, a Carbapenem hydrolyzing... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0t
タイトルCrystal structure of apo form of OXA-58, a Carbapenem hydrolyzing Class D beta-lactamase from Acinetobacter baumanii (P21, 4mol/ASU)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Class D beta-lactamase / OXA-58 / 4mol/ASU
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase OXA-58
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pratap, S. / Katiki, M. / Gill, P. / Golemi-Kotra, D. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Active-Site Plasticity Is Essential to Carbapenem Hydrolysis by OXA-58 Class D beta-Lactamase of Acinetobacter baumannii.
著者: Pratap, S. / Katiki, M. / Gill, P. / Kumar, P. / Golemi-Kotra, D.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9934
ポリマ－125,9934
非ポリマー00
水6,990388
1
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4981
ポリマ－31,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4981
ポリマ－31,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4981
ポリマ－31,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4981
ポリマ－31,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.017, 65.095, 191.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERKCXKCXAA38 - 8638 - 86
21SERSERKCXKCXDD38 - 8638 - 86
12ILEILETYRTYRAA87 - 27987 - 279
22ILEILETYRTYRDD87 - 27987 - 279

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 31498.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-58, bla-oxa-58, bla-oxa58 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2TR58, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris base/Hydrochloric acid (pH 8.0) and 28% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→34.79 Å / Num. obs: 37470 / % possible obs: 91.23 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.15
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.3→34.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 20.364 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.765 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24328 1847 4.9 %RANDOM
Rwork0.19414 ---
obs0.19651 35622 91.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.54 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7740 0 0 388 8128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0197934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.027601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.94710720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.349317462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6075967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.64824.883383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.764151370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1441536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.8933868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1881.8933867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9842.8364825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9842.8364826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3342.0074066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3342.0074067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2292.9545893
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.93615.4149128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90615.249063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2460 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2D
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 84 -
Rwork0.305 1837 -
obs--63.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6606-0.69611.3281.6075-0.97223.940.0301-0.02810.20710.1664-0.0654-0.063-0.06980.22540.03530.049-0.0180.0510.33090.00220.1095-3.11.30374.161
24.83261.3668-0.68638.03970.94214.61390.09410.1894-0.52760.00420.00630.06170.5876-0.0052-0.10040.12760.0172-0.00440.4463-0.00930.1286-14.85-7.62753.66
32.1453-0.4770.39231.9704-1.39792.91140.07290.02390.0351-0.02160.00390.00160.0245-0.075-0.07680.0154-0.0190.00040.396-0.01990.0611-8.3050.94569.313
47.91823.9912.22894.4199-0.036511.49890.02320.3205-0.2254-0.2917-0.0271-0.52310.11960.00280.0040.2130.03210.0160.40850.0110.2075-59.67156.79237.616
54.53761.2367-1.66672.2627-0.73233.1015-0.19790.1216-0.1951-0.13840.0883-0.2880.0510.33810.10970.04290.04330.00410.37290.00410.1168-59.64553.16924.206
62.4084-0.72240.13560.84311.13592.4107-0.14070.2069-0.03610.1193-0.0390.1030.1416-0.26730.17970.1347-0.02820.02720.5629-0.01080.0173-43.14856.6575.629
77.13614.35752.61848.65240.50183.5679-0.3768-0.5631.14150.567-0.3198-0.3662-0.6117-0.20710.69660.22080.0819-0.15870.4668-0.00450.5624-42.65374.044.202
82.7678-0.5086-0.93853.28170.62132.0029-0.1832-0.14110.02740.0870.057-0.0650.03260.08870.12620.10960.004-0.0150.3755-0.01090.0211-47.84657.7613.658
94.0104-1.687-2.432.7775-0.51327.1661-0.1462-0.20220.30160.24790.0146-0.2745-0.1350.28330.13160.0677-0.004-0.03640.35490.00520.0943-56.76457.4036.345
109.0772-0.2117-3.68923.14040.83116.8845-0.23670.1907-0.35920.1322-0.06560.03150.5032-0.15020.30220.1624-0.03410.00890.3221-0.01670.0405-41.92748.33414.493
115.55580.4761-0.78232.4724-0.81340.4522-0.14430.24260.24250.09040.11380.088-0.0827-0.05970.03050.104-0.0043-0.01110.37430.01710.1187-46.2860.18620.803
123.43362.2518-1.00536.72141.37383.4327-0.3598-0.17680.1771-0.41430.0953-0.1772-0.5220.05690.26440.18440.0323-0.09680.36760.06720.1554-54.03961.18323.523
136.10013.69365.43493.62641.00668.7213-0.45770.12080.3591-0.31240.17590.1369-0.4417-0.10260.28170.12720.08010.10770.50320.08290.2608-49.93861.46131.926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2A102 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4D38 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5D51 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6D82 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7D102 - 121
8X-RAY DIFFRACTION8D122 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9D162 - 181
10X-RAY DIFFRACTION10D182 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11D202 - 241
12X-RAY DIFFRACTION12D242 - 261
13X-RAY DIFFRACTION13D262 - 279

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る