PDB-2huh: Crystal structure of a duf2027 family protein (bt_2179) from bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2huh

タイトル

Crystal structure of a duf2027 family protein (bt_2179) from bacteroides thetaiotaomicron at 1.54 A resolution

要素

Putative DNA mismatch repair protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Putative dna mismatch repair protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative DNA Mismatch Repair Protein (NP_811092.1) from Bacteroides Thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.54 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2huh.cif.gz	50.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2huh.ent.gz	34.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2huh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2huh_validation.pdf.gz	411.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2huh_full_validation.pdf.gz	411.8 KB	表示
XML形式データ	2huh_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	2huh_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/2huh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a1j-2 3o6b-1 1sgv-2 3cto-11 3h6a-d 6zhi-3 3c2v-d 5lph-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 359113

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative DNA mismatch repair protein

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative DNA mismatch repair protein

ヘテロ分子

A: Putative DNA mismatch repair protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.043, 43.043, 167.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Putative DNA mismatch repair protein 分子量: 16939.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: NP_811092.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A5Q9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 12.0% PEG-3000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97922,0.97905

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月2日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97922	1
3	0.97905	1

反射

解像度: 1.5→30.002 Å / Num. obs: 23849 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.54-1.58	4.2	0.767	1	6679	1601	0.767	92.7
1.58-1.62	5.1	0.585	1.3	8414	1636	0.585	95.5
1.62-1.67	6.3	0.492	1.6	10108	1605	0.492	96.4
1.67-1.72	6.2	0.399	1.9	9841	1586	0.399	96.5
1.72-1.78	6.3	0.279	2.7	9529	1507	0.279	96.9
1.78-1.84	6.3	0.219	3.5	9410	1499	0.219	97.1
1.84-1.91	6.2	0.169	4.4	8927	1434	0.169	97.4
1.91-1.99	6.3	0.13	5.4	8647	1372	0.13	97
1.99-2.08	6.3	0.111	5.7	8418	1345	0.111	97.4
2.08-2.18	7.7	0.117	5.6	10001	1296	0.117	97.7
2.18-2.3	9.8	0.121	5.4	12188	1249	0.121	99.6
2.3-2.43	11.7	0.108	6	14110	1206	0.108	100
2.43-2.6	13.2	0.1	6.3	14809	1119	0.1	99.9
2.6-2.81	13.4	0.095	6.8	14174	1060	0.095	100
2.81-3.08	13.3	0.082	7.4	13447	1008	0.082	100
3.08-3.44	13.5	0.068	8.6	12015	890	0.068	100
3.44-3.98	13.2	0.062	9.9	10687	808	0.062	100
3.98-4.87	13	0.056	10.9	9145	704	0.056	100
4.87-6.89	12.5	0.051	11.6	7113	571	0.051	100
6.89-30.01	10.5	0.045	12.4	3719	353	0.045	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.54→30.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.722 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	1216	5.1 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.168	23764	97.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.411 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→30.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1164	0	1	163	1328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.968	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.742	3	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.645	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.188	25.333	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.378	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.205	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.966	3	816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.429	3	303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.548	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.366	8	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.096	11	462

LS精密化シェル

解像度: 1.539→1.579 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	75	-
R_work	0.261	1506	-
obs	-	1581	91.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.257 Å / Origin y: 10.604 Å / Origin z: 53.878 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0812 Å²	0.0101 Å²	-0.0133 Å²	-	0.0311 Å²	-0.0022 Å²	-	-	0.0245 Å²
L	0.6646 °²	0.3927 °²	0.5166 °²	-	0.8039 °²	0.4366 °²	-	-	1.2147 °²
S	-0.0486 Å °	-0.0482 Å °	0.0458 Å °	0.0318 Å °	0.021 Å °	-0.013 Å °	-0.1017 Å °	-0.0553 Å °	0.0276 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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