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万見
- PDB-2hu2: CTBP/BARS in ternary complex with NAD(H) and RRTGAPPAL peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hu2
タイトルCTBP/BARS in ternary complex with NAD(H) and RRTGAPPAL peptide
要素
  • 9-mer peptide from Zinc finger protein 217
  • C-terminal-binding protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSCRIPTION CO-REPRESSOR / ZINC FINGER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


presynapse to nucleus signaling pathway / SUMOylation of transcription cofactors / Repression of WNT target genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / acyltransferase activity ...presynapse to nucleus signaling pathway / SUMOylation of transcription cofactors / Repression of WNT target genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone cytoplasmic component / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / acyltransferase activity / white fat cell differentiation / histone deacetylase complex / synaptic vesicle endocytosis / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / PDZ domain binding / GABA-ergic synapse / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / NAD binding / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / membrane fusion / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / neuron projection / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain ...: / C-terminal binding protein / : / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Zinc finger protein 217 / C-terminal-binding protein 1 / C-terminal-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Nardini, M. / Bolognesi, M. / Quinlan, K.G.R. / Verger, A. / Francescato, P. / Crossley, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2006
タイトル: Specific Recognition of ZNF217 and Other Zinc Finger Proteins at a Surface Groove of C-Terminal Binding Proteins
著者: Quinlan, K.G.R. / Nardini, M. / Verger, A. / Francescato, P. / Yaswen, P. / Corda, D. / Bolognesi, M. / Crossley, M.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal-binding protein 1
B: 9-mer peptide from Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1594
ポリマ－40,4492
非ポリマー7092
水34219
1
A: C-terminal-binding protein 1
B: 9-mer peptide from Zinc finger protein 217
ヘテロ分子

A: C-terminal-binding protein 1
B: 9-mer peptide from Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3178
ポリマ－80,8984
非ポリマー1,4194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)89.310, 89.310, 162.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 C-terminal-binding protein 1 / CtBP1 / C-terminal-binding protein 3 / CtBP3 / 50 kDa BFA-dependent ADP-ribosylation substrate / BARS-50


分子量: 39509.133 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ctbp1, Bars, Ctbp3 / 器官: brain / プラスミド: PET11D-HIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)plyss
参照: UniProt: Q9Z2F5, UniProt: Q6AZ26*PLUS, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from Zinc finger protein 217


分子量: 940.101 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-9 / Mutation: C5A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in human (with c5a) / 参照: UniProt: O75362
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M ammonium formate, 0.1M Hepes (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→55.9 Å / Num. all: 9503 / Num. obs: 9503 / % possible obs: 99.81 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 9.52 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 1341 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HKU

1hku


解像度: 2.85→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 18.056 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27491 960 10.1 %RANDOM
Rwork0.22685 ---
all0.23172 8533 --
obs0.23172 8533 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 44 22 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9793682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8395338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05623.226124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02115460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5531527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1620.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2890.21842
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3771.51748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55422701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49731036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8814.5981
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 80 -
Rwork0.339 593 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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