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- PDB-2ht0: IHF bound to doubly nicked DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ht0
タイトルIHF bound to doubly nicked DNA
要素
  • (Integration host factor ...) x 2
  • 5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*C)-3'
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA bending / kink / nick / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription ...IHF-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / DNA recombination / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily ...Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Swinger, K.K. / Rice, P.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure-based Analysis of HU-DNA Binding.
著者: Swinger, K.K. / Rice, P.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of an IHF-DNA complex: a protein-induced DNA U-turn.
著者: Rice, P.A. / Yang, S.-W. / Nash, H. / Mizuuchi, K.
履歴
登録2006年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
A: Integration host factor alpha-subunit
B: Integration host factor beta-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6017
ポリマ－43,4886
非ポリマー1121
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.942, 58.944, 181.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the heterodimer found in the asymmetric unit.

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*T)-3'


分子量: 3984.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*C)-3'


分子量: 6772.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3'


分子量: 4611.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 6074.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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Integration host factor ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Integration host factor alpha-subunit / IHF-alpha


分子量: 11373.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6X7
#6: タンパク質 Integration host factor beta-subunit / IHF-beta


分子量: 10671.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y1, UniProt: Q14F22*PLUS

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非ポリマー , 2種, 261分子

#7: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1mM protein, 1.5 molar excess DNA, ~22%PEG4000, 50mM KCl, 1mM spermine, 5-15% glycerol, 15mM Cd++, 0.3% NaN3, 50mM Tris-HCl soaked in cryoprotectant with more glycerol, more PEG, and Mg++ ...詳細: 1mM protein, 1.5 molar excess DNA, ~22%PEG4000, 50mM KCl, 1mM spermine, 5-15% glycerol, 15mM Cd++, 0.3% NaN3, 50mM Tris-HCl soaked in cryoprotectant with more glycerol, more PEG, and Mg++ replacing Cd++, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2KCl11
3spermine11
4glycerol11
5Cd++11
6NaN311
7Tris-HCl11
8H2O11
9PEG400012
10KCl12
11glycerol12
12Cd++12
13NaN312
14Tris-HCl12
15H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. all: 35004 / Num. obs: 33359 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→14.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 819957.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1266 4.8 %RANDOM, same indices as for 1IHF
Rwork0.235 ---
all0.237 34955 --
obs0.235 26426 75.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.7761 Å2 / ksol: 0.375388 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--33.68 Å20 Å2
3----33.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1540 1423 1 260 3224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 105 4.8 %
Rwork0.315 2101 -
obs--38.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep_nopuckers2.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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