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- PDB-2hqd: Conformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hqd
タイトルConformation of the AcrB Multidrug Efflux Pump in Mutants of the Putative Proton Relay Pathway
要素Acriflavine resistance protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / multidrug efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Su, C.-C. / Li, M. / Gu, R. / Takatsuka, Y. / McDermott, G. / Nikaido, H. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Conformation of the AcrB multidrug efflux pump in mutants of the putative proton relay pathway
著者: Su, C.-C. / Li, M. / Gu, R. / Takatsuka, Y. / McDermott, G. / Nikaido, H. / Yu, E.W.
履歴
登録2006年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1741
ポリマ－114,1741
非ポリマー00
水00
1
A: Acriflavine resistance protein B

A: Acriflavine resistance protein B

A: Acriflavine resistance protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,5213
ポリマ－342,5213
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area20690 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area116680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.035, 145.035, 513.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Acriflavine resistance protein B / AcrB membrane transporter


分子量: 114173.742 Da / 分子数: 1 / 変異: D408A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462 / プラスミド: pSPORT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: P31224

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9799
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月8日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 585851 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3
反射 シェル解像度: 3.65→3.78 Å / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T9U

1t9u


解像度: 3.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 28.622 / SU ML: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.725 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1093 5.2 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.263 20020 90 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 100.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7718 0 0 0 7718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0910.0227862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg6.5851.96910678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg24.18251014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.71224.477306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg30.609151327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4581538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4840.21264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.025821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.5140.27233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.4290.25038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.460.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5030.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0361.55540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.50428124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.93933193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.9724.52554
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.65→3.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 76 -
Rwork0.342 1510 -
obs--94.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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