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- PDB-2hpd: CRYSTAL STRUCTURE OF HEMOPROTEIN DOMAIN OF P450BM-3, A PROTOTYPE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hpd
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HEMOPROTEIN DOMAIN OF P450BM-3, A PROTOTYPE FOR MICROSOMAL P450'S
要素CYTOCHROME P450 BM-3
キーワードOXIDOREDUCTASE(OXYGENASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ravichandran, K.G. / Boddupalli, S.S. / Hasemann, C.A. / Peterson, J.A. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of hemoprotein domain of P450BM-3, a prototype for microsomal P450's.
著者: Ravichandran, K.G. / Boddupalli, S.S. / Hasermann, C.A. / Peterson, J.A. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of P450Terp and the Hemoprotein Domain of P450Bm-3, Enzymes Belonging to Two Distinct Classes of the Cytochrome P450 Superfamily
著者: Boddupalli, S.S. / Hasemann, C.A. / Ravichandran, K.G. / Lu, J.-Y. / Goldsmith, E.J. / Deisenhofer, J. / Peterson, J.A.
#2: ジャーナル: Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol. / 年: 1991
タイトル: P450Bm-3 and Other Inducible Bacterial P450 Cytochromes: Biochemistry and Regulation
著者: Fulco, A.J.
履歴
登録1993年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 BM-3
B: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8264
ポリマ－107,5932
非ポリマー1,2332
水8,197455
1
A: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4132
ポリマ－53,7961
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME P450 BM-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4132
ポリマ－53,7961
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.400, 154.000, 62.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES ALA 191 - ALA 197 OF BOTH MOLECULES HAVE LARGE B VALUES (B > 80 ANGSTROMS**2).
2: ASP A 195 - PRO A 196 OMEGA =104.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION FTNOTE 1 ALSO APPLIES.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9996, 0.0166, 0.0211), (0.0081, -0.9344, 0.3562), (0.0257, -0.3559, -0.9342)-23.7, 39.9, 21.2
2given(0.9996, 0.0081, 0.0257), (0.0167, -0.9344, -0.3559), (0.0211, 0.3562, -0.9342)22.8, 45.2, 6.18
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*, WITH AN RMSD = 0.779480. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*, WITH AN RMSD = 0.785550.

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 BM-3


分子量: 53796.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Boddupalli, S.S., (1992) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 89, 5567.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMprotein1dropabout 275mg/ml
250 mMpotassium phosphate1drop
3100 mMPIPES1reservoir
420 %(w/v)PEG80001reservoir
515 mMdithiothreitol1reservoir
640 mM1reservoirMgSO4

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 55129 / % possible obs: 73.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 251913 / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→20 Å / Rfactor Rwork: 0.167 / Rfactor obs: 0.167
詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THE LOOP REGION BETWEEN THE F AND G HELICES (RESIDUES 190 - 196) IS POORLY DEFINED FOR BOTH MOLECULES A AND B. THIS COULD ACCOUNT FOR THE HIGH B FACTORS OF RESIDUES ...詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR THE LOOP REGION BETWEEN THE F AND G HELICES (RESIDUES 190 - 196) IS POORLY DEFINED FOR BOTH MOLECULES A AND B. THIS COULD ACCOUNT FOR THE HIGH B FACTORS OF RESIDUES IN THIS REGION AND FOR THE BAD CONFORMATION OF THE 195 - 196 PEPTIDE PLANE. DIHEDRAL ANGLES OF RESIDUES THR A 436 AND THR B 436 LIE OUTSIDE THE ALLOWED REGIONS IN THE RAMACHANDRAN PLOT. THIS MAY BE DUE TO THEIR ROLE IN SUBSTRATE INTERACTIONS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7358 0 88 453 7899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 7895 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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