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- PDB-3ben: Structure of N-(12-imidazolyl-dodecanoyl)-L-leucine inhibitor bou... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ben | ||||||
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Title | Structure of N-(12-imidazolyl-dodecanoyl)-L-leucine inhibitor bound to the heme domain of Cytochrome P450-BM3 | ||||||
![]() | Cytochrome P450 102 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / HEMEPROTEIN / Electron transport / FAD / Flavoprotein / FMN / Iron / Membrane / Metal-binding / Monooxygenase / Multifunctional enzyme / NADP / Transport | ||||||
Function / homology | ![]() NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of inhibitor-bound P450BM-3 reveals open conformation of substrate access channel. Authors: Haines, D.C. / Chen, B. / Tomchick, D.R. / Bondlela, M. / Hegde, A. / Machius, M. / Peterson, J.A. #1: ![]() Title: Pivotal role of water in the mechanism of P450BM-3. Authors: Haines, D.C. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Peterson, J.A. #2: ![]() Title: Interactions of Substrates at the Surface of P450s Can Greatly Enhance Substrate Potency Authors: Hegde, A. / Haines, D.C. / Bondlela, M. / Chen, B. / Schaffer, N. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Nguyen, H. / Chowdhary, P.K. / Peterson, J.A. #3: Journal: Biochemistry / Year: 1998 Title: Imidazolyl carboxylic acids as mechanistic probes of flavocytochrome P-450 BM3. Authors: Noble, M.A. / Quaroni, L. / Chumanov, G.D. / Turner, K.L. / Chapman, S.K. / Hanzlik, R.P. / Munro, A.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 67.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1jpzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 53671.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 910 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/LEH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LEH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Chemical | ChemComp-MES / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 11% (w/v) PEG-3350, 200 mM magnesium chloride, 7.5% (v/v) glycerol, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Detector: CCD / Date: Jun 10, 2004 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97959 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→35.2 Å / Num. all: 125826 / Num. obs: 125826 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 26.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 5307 / % possible all: 81.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1JPZ Resolution: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.927 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.086 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.795 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.053 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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