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万見
- PDB-2hnv: Crystal Structure of a Dipeptide Complex of the Q58V Mutant of Bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hnv
タイトルCrystal Structure of a Dipeptide Complex of the Q58V Mutant of Bovine Neurophysin-I
要素Oxytocin-neurophysin 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-pepide complex / Q58V mutant / inter-domain loop / beta sheet / 3 / 10 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Vasopressin-like receptors / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / maternal aggressive behavior / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / neuropeptide hormone activity / G alpha (q) signalling events / secretory granule / response to estrogen / intracellular signal transduction / :
類似検索 - 分子機能
Neurophysin II; Chain A / Neurohypophysial hormone domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / TYROSINE / Oxytocin-neurophysin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, X. / Lee, H. / Wu, J. / Breslow, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Contributions of the interdomain loop, amino terminus, and subunit interface to the ligand-facilitated dimerization of neurophysin: crystal structures and mutation studies of bovine neurophysin-I.
著者: Li, X. / Lee, H. / Wu, J. / Breslow, E.
履歴
登録2006年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxytocin-neurophysin 1
B: Oxytocin-neurophysin 1
C: Oxytocin-neurophysin 1
D: Oxytocin-neurophysin 1
E: Oxytocin-neurophysin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,40315
ポリマ－40,6715
非ポリマー1,73210
水52229
1
A: Oxytocin-neurophysin 1
B: Oxytocin-neurophysin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9616
ポリマ－16,2692
非ポリマー6934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Oxytocin-neurophysin 1
D: Oxytocin-neurophysin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9616
ポリマ－16,2692
非ポリマー6934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
3
E: Oxytocin-neurophysin 1
ヘテロ分子

E: Oxytocin-neurophysin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9616
ポリマ－16,2692
非ポリマー6934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)110.904, 110.904, 126.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The biological unit is a dimer. There are 2.5 biological units per asymmetric unit. The complete dimers are comprised of chains A & B and chains C & D. Chain E is half of a dimer from another asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Oxytocin-neurophysin 1


分子量: 8134.256 Da / 分子数: 5 / 断片: Residues 38-118 / 変異: Q58V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: OXT / プラスミド: pTHMa30-51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)p Lys S / 参照: UniProt: P01175
#2: 化合物
ChemComp-PHE / PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物
ChemComp-TYR / TYROSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 22% v/v isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: VariMax-HR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.66 Å / Num. obs: 17407 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.596.80.67817100.907100
2.59-2.6970.44517050.946100
2.69-2.827.40.34416910.989100
2.82-2.967.80.22717141.052100
2.96-3.158.20.14217270.978100
3.15-3.398.70.10317180.987100
3.39-3.738.60.10117250.99399.7
3.73-4.278.70.07417631.02199.7
4.27-5.389.20.04217791.07999.6
5.38-508.70.04118751.02197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化開始モデル: PDB ENTRY 2HNU

2hnu


解像度: 2.5→22.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 623573.625 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 736 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs-15132 91.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.583 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.44 Å28.41 Å20 Å2
2--8.44 Å20 Å2
3----16.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.33 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→22.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 0 29 2929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 117 5.1 %
Rwork0.299 2161 -
obs-2278 85.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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