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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hnv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Dipeptide Complex of the Q58V Mutant of Bovine Neurophysin-I | ||||||
![]() | Oxytocin-neurophysin 1 | ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / protein-pepide complex / Q58V mutant / inter-domain loop / beta sheet / 3 / 10 helix | ||||||
機能・相同性 | ![]() Vasopressin-like receptors / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / G alpha (q) signalling events / secretory granule / response to estrogen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Li, X. / Lee, H. / Wu, J. / Breslow, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contributions of the interdomain loop, amino terminus, and subunit interface to the ligand-facilitated dimerization of neurophysin: crystal structures and mutation studies of bovine neurophysin-I. 著者: Li, X. / Lee, H. / Wu, J. / Breslow, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 488.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer. There are 2.5 biological units per asymmetric unit. The complete dimers are comprised of chains A & B and chains C & D. Chain E is half of a dimer from another asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8134.256 Da / 分子数: 5 / 断片: Residues 38-118 / 変異: Q58V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PHE / #3: 化合物 | ChemComp-TYR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 22% v/v isopropanol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: VariMax-HR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→38.66 Å / Num. obs: 17407 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 15.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 2HNU 解像度: 2.5→22.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 623573.625 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.583 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→22.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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