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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hng | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Protein of Unknown Function SP1558 from Streptococcus pneumoniae | ||||||
要素 | Hypothetical protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1149 / Protein of unknown function (DUF1149) / Bacterial Protein-export protein SecB / SecB-like / SecB-like superfamily / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Zhang, D. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 2006 タイトル: The Crystal Structure of Hypothetical Protein SP_1558 from Streptococcus pneumoniae 著者: Kim, Y. / Zhang, D. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hng.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hng.ent.gz | 33.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hng.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hng_validation.pdf.gz | 419.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hng_full_validation.pdf.gz | 420.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hng_validation.xml.gz | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hng_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/2hng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/2hng | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14837.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1558 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q97PP5, UniProt: A0A0H2UQV3*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Calcium chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 45% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si111 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→43.03 Å / Num. all: 17399 / Num. obs: 16724 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1283 / % possible all: 75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.217 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.119 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.122 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→43.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
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