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万見
- PDB-5glj: Crystal Structure of PDZ1 Domain of Human Protein Tyrosine Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glj
タイトルCrystal Structure of PDZ1 Domain of Human Protein Tyrosine Phosphatase PTP-Bas
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
キーワードHYDROLASE / PTP-bas / PDZ1 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of excitatory synapse assembly / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / cellular response to toxic substance / Interleukin-37 signaling / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / negative regulation of protein phosphorylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...negative regulation of excitatory synapse assembly / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / cellular response to toxic substance / Interleukin-37 signaling / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / negative regulation of protein phosphorylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / lamellipodium / cell body / cytoskeleton / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal ...Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / PDZ domain / FERM central domain / Pdz3 Domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Ubiquitin-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, S.O. / Ku, B. / Chi, S.W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: High-resolution crystal structure of the PDZ1 domain of human protein tyrosine phosphatase PTP-Bas.
著者: Lee, S.O. / Lee, M.K. / Ku, B. / Bae, K.H. / Lee, S.C. / Lim, H.M. / Kim, S.J. / Chi, S.W.
履歴
登録2016年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6008
ポリマ－40,4584
非ポリマー1424
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.034, 57.571, 168.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Fas-associated protein-tyrosine phosphatase 1 / FAP-1 / PTP-BAS / Protein-tyrosine phosphatase 1E / ...Fas-associated protein-tyrosine phosphatase 1 / FAP-1 / PTP-BAS / Protein-tyrosine phosphatase 1E / hPTPE1 / Protein-tyrosine phosphatase PTPL1


分子量: 10114.570 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ1 Domain (UNP RESIDUES 1086-1178) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN13, PNP1, PTP1E, PTPL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12923, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate , 0.1 M BIS-TRIS pH5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 42069 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 21.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.6→29.953 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 18.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 2123 5.05 %
Rwork0.17 --
obs0.1717 42069 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 4 491 3295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0833867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9931083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6004-1.63760.31181430.25022488X-RAY DIFFRACTION96
1.6376-1.67850.30721320.2382626X-RAY DIFFRACTION99
1.6785-1.72390.24691490.23832602X-RAY DIFFRACTION99
1.7239-1.77460.241490.20822636X-RAY DIFFRACTION99
1.7746-1.83190.23821400.18782604X-RAY DIFFRACTION99
1.8319-1.89740.2251560.18072637X-RAY DIFFRACTION100
1.8974-1.97330.22271370.17072617X-RAY DIFFRACTION99
1.9733-2.06310.20981510.16382643X-RAY DIFFRACTION99
2.0631-2.17190.17371140.15642668X-RAY DIFFRACTION100
2.1719-2.30790.19551380.15592680X-RAY DIFFRACTION100
2.3079-2.4860.19551450.15532677X-RAY DIFFRACTION100
2.486-2.7360.18731280.16172703X-RAY DIFFRACTION100
2.736-3.13160.20111520.15742704X-RAY DIFFRACTION100
3.1316-3.9440.1591450.15112751X-RAY DIFFRACTION100
3.944-29.95840.20611440.16482910X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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