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- PDB-2hik: heterotrimeric PCNA sliding clamp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hik
タイトルheterotrimeric PCNA sliding clamp
要素
  • PCNA1 (SSO0397)
  • PCNA2 (SSO1047)
  • PCNA3 (SSO0405)
キーワードREPLICATION / PCNA sliding clamp / processivity factor / DNA replication / heterotrimer
機能・相同性
機能・相同性情報


leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 3 / DNA polymerase sliding clamp 1 / DNA polymerase sliding clamp 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Tsodikov, O.V. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / : 2006
タイトル: A Flexible Interface between DNA Ligase and PCNA Supports Conformational Switching and Efficient Ligation of DNA.
著者: Pascal, J.M. / Tsodikov, O.V. / Hura, G.L. / Song, W. / Cotner, E.A. / Classen, S. / Tomkinson, A.E. / Tainer, J.A. / Ellenberger, T.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PCNA1 (SSO0397)
B: PCNA2 (SSO1047)
C: PCNA3 (SSO0405)
L: PCNA1 (SSO0397)
M: PCNA2 (SSO1047)
N: PCNA3 (SSO0405)
X: PCNA1 (SSO0397)
Y: PCNA2 (SSO1047)
Z: PCNA3 (SSO0405)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,3789
ポリマ-256,3789
非ポリマー00
00
1
A: PCNA1 (SSO0397)
B: PCNA2 (SSO1047)
C: PCNA3 (SSO0405)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4593
ポリマ-85,4593
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area31090 Å2
手法PISA
2
L: PCNA1 (SSO0397)
M: PCNA2 (SSO1047)
N: PCNA3 (SSO0405)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4593
ポリマ-85,4593
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
3
X: PCNA1 (SSO0397)
Y: PCNA2 (SSO1047)
Z: PCNA3 (SSO0405)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4593
ポリマ-85,4593
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area31030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.275, 223.093, 79.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21L
31X
41A
51L
61X
71A
81L
91X
101A
111L
121X
131A
141L
151X
12B
22M
32Y
42B
52M
62Y
72B
82M
92Y
102B
112M
122Y
132B
142M
152Y
13C
23N
33Z
43C
53N
63Z
73C
83N
93Z
103C
113N
123Z
133C
143N
153Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSTHRTHR4AA3 - 1123 - 112
211LYSLYSTHRTHR4LD3 - 1123 - 112
311LYSLYSTHRTHR4XG3 - 1123 - 112
421THRTHRALAALA4AA138 - 170138 - 170
521THRTHRALAALA4LD138 - 170138 - 170
621THRTHRALAALA4XG138 - 170138 - 170
731GLYGLYARGARG6AA171 - 176171 - 176
831GLYGLYARGARG6LD171 - 176171 - 176
931GLYGLYARGARG6XG171 - 176171 - 176
1041TYRTYRPROPRO4AA177 - 247177 - 247
1141TYRTYRPROPRO4LD177 - 247177 - 247
1241TYRTYRPROPRO4XG177 - 247177 - 247
1351ILEILETHRTHR6AA113 - 137113 - 137
1451ILEILETHRTHR6LD113 - 137113 - 137
1551ILEILETHRTHR6XG113 - 137113 - 137
112ALAALASERSER4BB4 - 1093 - 108
212ALAALASERSER4ME4 - 1093 - 108
312ALAALASERSER4YH4 - 1093 - 108
422LEULEULEULEU4BB136 - 231135 - 230
522LEULEULEULEU4ME136 - 231135 - 230
622LEULEULEULEU4YH136 - 231135 - 230
732PHEPHELEULEU6BB110 - 135109 - 134
832PHEPHELEULEU6ME110 - 135109 - 134
932PHEPHELEULEU6YH110 - 135109 - 134
1042PROPROGLYGLY6BB232 - 235231 - 234
1142PROPROGLYGLY6ME232 - 235231 - 234
1242PROPROGLYGLY6YH232 - 235231 - 234
1352TYRTYRPROPRO4BB236 - 243235 - 242
1452TYRTYRPROPRO4ME236 - 243235 - 242
1552TYRTYRPROPRO4YH236 - 243235 - 242
113VALVALLEULEU4CC3 - 393 - 39
213VALVALLEULEU4NF3 - 393 - 39
313VALVALLEULEU4ZI3 - 393 - 39
423ASPASPALAALA6CC40 - 4240 - 42
523ASPASPALAALA6NF40 - 4240 - 42
623ASPASPALAALA6ZI40 - 4240 - 42
733HISHISGLUGLU4CC43 - 10843 - 108
833HISHISGLUGLU4NF43 - 10843 - 108
933HISHISGLUGLU4ZI43 - 10843 - 108
1043PHEPHEILEILE6CC109 - 134109 - 134
1143PHEPHEILEILE6NF109 - 134109 - 134
1243PHEPHEILEILE6ZI109 - 134109 - 134
1353SERSERALAALA4CC135 - 241135 - 241
1453SERSERALAALA4NF135 - 241135 - 241
1553SERSERALAALA4ZI135 - 241135 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 PCNA1 (SSO0397) / DNA polymerase sliding clamp B / Proliferating cell nuclear antigen homolog B / PCNA B


分子量: 29062.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnB, pcnA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P57766
#2: タンパク質 PCNA2 (SSO1047) / DNA polymerase sliding clamp C / Proliferating cell nuclear antigen homolog C / PCNA C


分子量: 27648.662 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnC, pcnA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z84
#3: タンパク質 PCNA3 (SSO0405) / DNA polymerase sliding clamp A / Proliferating cell nuclear antigen homolog A / PCNA A


分子量: 28747.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnA, pcnA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57765
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 18-20% PEG 3350, 150mM ammonium citrate, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 35317 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 87.795 / SU ML: 0.635 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.763 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1750 5.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.239 34234 88.8 %-
all-34234 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.98 Å20 Å20 Å2
2--4.5 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17311 0 0 0 17311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02217578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0351.98123714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg552195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20725.412765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.761153309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4391572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.28566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.211748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2111.511273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.298217819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.41836961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6064.55895
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1644medium positional0.170.2
12L1644medium positional0.120.2
13X1644medium positional0.150.2
21B1655medium positional0.190.2
22M1655medium positional0.150.2
23Y1655medium positional0.160.2
31C1657medium positional0.20.2
32N1657medium positional0.130.2
33Z1657medium positional0.150.2
11A245loose positional0.9310
12L245loose positional1.0310
13X245loose positional0.7310
21B239loose positional1.0810
22M239loose positional0.9910
23Y239loose positional0.8210
31C236loose positional1.5610
32N236loose positional0.9410
33Z236loose positional1.3210
11A1644medium thermal0.152
12L1644medium thermal0.162
13X1644medium thermal0.132
21B1655medium thermal0.152
22M1655medium thermal0.152
23Y1655medium thermal0.162
31C1657medium thermal0.142
32N1657medium thermal0.122
33Z1657medium thermal0.132
11A245loose thermal0.5910
12L245loose thermal0.7910
13X245loose thermal0.810
21B239loose thermal0.8310
22M239loose thermal0.7410
23Y239loose thermal0.9410
31C236loose thermal1.0110
32N236loose thermal0.2810
33Z236loose thermal0.9610
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 117 -
Rwork0.278 2131 -
obs--82.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.72-3.1386-0.65212.97940.10473.2233-0.2276-0.1056-0.1031-0.0445-0.1255-0.11580.44560.72660.353-0.0586-0.0077-0.0627-0.1178-0.0304-0.384146.4523-18.1595-14.1575
21.12350.9163-0.38361.5087-1.72929.072-0.16020.16060.36520.05020.02080.1503-0.2234-0.44280.1394-0.34720.1308-0.1624-0.54920.0056-0.181425.43937.25-41.8153
36.9948-4.63835.57565.2947-4.6478.6211-0.04230.2855-0.082-0.2370.17190.07430.18150.6002-0.1296-0.28490.10210.0919-0.16570.0194-0.458658.5053-15.7328-54.6772
47.5013-3.2512-1.00693.32431.294.34910.15120.10350.2861-0.2651-0.2290.0671-0.3205-0.83420.07780.04880.0582-0.1833-0.06360.07360.0092-21.098337.1377-21.663
53.20240.1229-1.63561.4637-1.12247.5536-0.0543-0.4926-0.4906-0.0477-0.24990.10150.33230.1770.3042-0.4282-0.0422-0.2288-0.44790.13270.36150.632816.37458.9784
65.0005-3.02742.64585.5151-3.74317.47350.09720.3177-0.37940.1065-0.16980.3628-0.0569-1.33560.0726-0.3052-0.0209-0.10470.1889-0.41340.0706-34.436537.207618.8889
75.03343.1269-1.04453.9055-2.03674.19590.20160.38390.13990.20560.3235-0.1392-0.4070.4751-0.5251-0.18260.0988-0.0109-0.1764-0.2331-0.323162.721144.833815.1959
81.7693-0.44071.07632.4501-0.44997.77140.3067-0.3055-0.2329-0.05010.0817-0.00760.05710.0054-0.3884-0.4868-0.0039-0.1568-0.5220.0336-0.180733.504530.7572-12.0893
96.69192.36565.31324.59243.39588.41530.1892-0.00960.1268-0.1752-0.1167-0.1484-0.16320.9311-0.0726-0.25140.02590.2416-0.1617-0.1-0.336864.198357.2422-25.1496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2502 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2451 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 2431 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4LD2 - 2492 - 249
5X-RAY DIFFRACTION5ME2 - 2441 - 243
6X-RAY DIFFRACTION6NF1 - 2431 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7XG2 - 2492 - 249
8X-RAY DIFFRACTION8YH2 - 2441 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9ZI1 - 2431 - 243

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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