PDB-2hg5: Cs+ complex of a K channel with an amide to ester substitution in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hg5

タイトル

Cs+ complex of a K channel with an amide to ester substitution in the selectivity filter

要素

FAB HEAVY CHAIN
FAB LIGHT CHAIN
KCSA CHANNEL

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Channel / semi-synthetic / ester

機能・相同性

機能・相同性情報

delayed rectifier potassium channel activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / voltage-gated potassium channel complex / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Valiyaveetil, F.I. / MacKinnon, R. / Muir, T.W.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Structural and Functional Consequences of an Amide-to-Ester Substitution in the Selectivity Filter of a Potassium Channel.
著者: Valiyaveetil, F.I. / Sekedat, M. / Mackinnon, R. / Muir, T.W.

履歴

登録	2006年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.0	2024年3月27日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id

Remark 400

COMPOUND CHAINS C AND D ARE LINKED AND FORM A CONTINUOUS SYNTHETIC POLYPEPTIDE. THERE IS AN ESTER ...

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THERE WERE NO UNP REFERENCE SEQUENCES AVAILABLE FOR THE PROTEINS.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hg5.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hg5.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h8pC 2hfeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w0j-1 2jk5-1 6w0g-1 2itd-1 2ih1-1 1r3l-1 3or6-1 1r3i-1 6pa0-1 5vkh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (3) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#38 - 2003年2月
カリウムチャネル (Potassium Channels)
類似性 (3)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (2)

登録構造単位

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: KCSA CHANNEL

ヘテロ分子

58.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: KCSA CHANNEL

ヘテロ分子

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: KCSA CHANNEL

ヘテロ分子

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: KCSA CHANNEL

ヘテロ分子

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: KCSA CHANNEL

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
234 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.597, 156.597, 75.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-201- CS
2	1	C-202- CS
3	1	C-203- CS
4	1	C-204- CS

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質	KCSA CHANNEL 分子量: 10782.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS SYNTHESIZED BY THE EXPRESSED PROTEIN LIGATION REACTION BETWEEN A RECOMBINANT PEPTIDE THIOESTER AND A SYNTHETIC PEPTIDE CONSISTING OF A N-TERMINAL CYSTEINE. 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0A334*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma cell line / 参照: UniProt: Q569B4*PLUS
#2: 抗体	FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma cell line / 参照: UniProt: P01837*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 34分子

#4: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs / 参照: UniProt: P0A334*PLUS
#5: 化合物	ChemComp-B3H / (2S)-2-(BUTYRYLOXY)-3-HYDROXYPROPYL NONANOATE 分子量: 302.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals of the KcsAester-Fab complex grown in the presence of 300 mM KCl were washed 2X in a similar solution containing 0.3M CsCl, incubated overnight in the presence of 0.3M CsCl and then ...詳細: Crystals of the KcsAester-Fab complex grown in the presence of 300 mM KCl were washed 2X in a similar solution containing 0.3M CsCl, incubated overnight in the presence of 0.3M CsCl and then cryoprotected. 50 mM Magnesium acetate, PEG 400 (20-25%), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.46 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals of the KcsAester-Fab complex grown in the presence of 300 mM KCl were washed 2X in a similar solution containing 0.3M CsCl, incubated overnight in the presence of 0.3M CsCl and then ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→100 Å / Num. obs: 23274 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.657 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Num. unique all: 2362 / Χ²: 1.004 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→26.1 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1799884.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	1195	5.1 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	-	23257	96.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 29.927 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.17 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.42 Å	0.37 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.52 Å	0.44 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→26.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4056	0	25	29	4110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.9
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.56	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.74	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.02	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.16	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.92 Å / R_factor R_free error: 0.029 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	182	4.7 %
R_work	0.332	3715	-
obs	-	3897	97.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein_mod.top
X-RAY DIFFRACTION	2	lipid2.par	lipid_mod.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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