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- PDB-2heh: Crystal Structure of the KIF2C motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2heh
タイトルCrystal Structure of the KIF2C motor domain
要素KIF2C protein
キーワードStructural genomics / structural protein / kinesin / motor domain / ADP / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / kinesin complex ...postsynaptic cytoskeleton organization / regulation of chromosome segregation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / metaphase chromosome alignment / centromeric DNA binding / microtubule plus-end / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / Kinesins / kinesin complex / microtubule depolymerization / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / presynapse / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / microtubule / postsynapse / cell division / centrosome / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wang, J. / Shen, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the kif2c motor domain
著者: Wang, J. / Shen, Y. / Tempel, W. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KIF2C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,74713
ポリマ－43,2961
非ポリマー45212
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.720, 79.720, 154.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 KIF2C protein / Kinesin-like 6 / Mitotic centromere-associated kinesin / Kinesin family member 2C


分子量: 43295.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF2C / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: Q99661
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7
詳細: 37% PEG400, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 51791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.713

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.34 Å
Translation2.5 Å29.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ARP/wARPモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V8K

1v8k


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.544 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1380 4.955 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22126 27850 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.012 Å20 Å20 Å2
2---0.012 Å20 Å2
3---0.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2493 0 38 47 2578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9763472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.35934243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1295328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61323.627102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8715449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7161515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.21403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.85821697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4842661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.08232600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78321016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9053868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 101 -
Rwork0.288 1891 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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