PDB-2he3: Crystal structure of the selenocysteine to cysteine mutant of hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2he3

タイトル

Crystal structure of the selenocysteine to cysteine mutant of human glutathionine peroxidase 2 (GPX2)

要素

Glutathione peroxidase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / gastrointestinal glutathione peroxidase 2 / GPRP / GSHPX-GI / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / glutathione peroxidase / glutathione peroxidase activity / intercellular bridge / Detoxification of Reactive Oxygen Species / TP53 Regulates Metabolic Genes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Johansson, C. / Kavanagh, K.L. / Rojkova, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the selenocysteine to cysteine mutant of human glutathionine peroxidase 2 (GPX2)
著者: Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.

履歴

登録	2006年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

SEQUENCE THERES IS A SELENOCYSTEINE TO CYSTEINE MUTATION AT RESIDUE 40.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2he3.cif.gz	56.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2he3.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2he3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2he3_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2he3_full_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示
XML形式データ	2he3_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	2he3_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2he3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2he3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f8aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gp1-1 2f8a-1 5wqm-d 1ete-4 5la2-d 2ptg-2 4y94-d 5mzf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (8) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (8)
#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutathione peroxidase 2

ヘテロ分子

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione peroxidase 2

ヘテロ分子

A: Glutathione peroxidase 2

ヘテロ分子

A: Glutathione peroxidase 2

ヘテロ分子

A: Glutathione peroxidase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.308, 117.212, 120.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-299- HOH

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the AU by the operations: -x,-y,z; x,-y,-z+1; -x,y,-z+1

#1: タンパク質	Glutathione peroxidase 2 / GSHPx-2 / GPx-2 / Glutathione peroxidase-gastrointestinal / GSHPx-GI / Glutathione peroxidase- ...GSHPx-2 / GPx-2 / Glutathione peroxidase-gastrointestinal / GSHPx-GI / Glutathione peroxidase- related protein 2 / Gastrointestinal glutathione peroxidase / GPRP 分子量: 24115.377 Da / 分子数: 1 / 変異: S15N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPX2 / プラスミド: pNIC-Bsa4 (pET derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P18283, glutathione peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 200 mM sodium formate, 100 mM Bis-Tris propane, 10% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9183 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→42 Å / Num. all: 17619 / Num. obs: 17619 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 27 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2496 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2f8a

2f8a

解像度: 2.1→42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.015 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20481	890	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15583	-	-	-
all	0.15833	16588	-	-
obs	0.15833	16588	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.278 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	2	135	1641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.964	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.564	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.269	23.457	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.29	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.771	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.312	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.74	3	970
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.712	3	368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.746	5	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.059	7	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.134	11	597
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	52	-
R_work	0.211	1203	-
obs	-	-	98.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.273 Å / Origin y: 18.3957 Å / Origin z: 41.5865 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.05 Å²	0.0229 Å²	0.0176 Å²	-	-0.0557 Å²	0.0066 Å²	-	-	-0.0378 Å²
L	0.5034 °²	0.1966 °²	0.0296 °²	-	1.3337 °²	-0.0524 °²	-	-	1.1554 °²
S	0.0007 Å °	0.0104 Å °	0.007 Å °	-0.0581 Å °	-0.0051 Å °	0.0346 Å °	-0.008 Å °	-0.007 Å °	0.0044 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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