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- PDB-2hc5: Solution NMR Structure of Protein yvyC from Bacillus subtilis. No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hc5
タイトルSolution NMR Structure of Protein yvyC from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR482.
要素Hypothetical protein yvyC
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / GFT-NMR / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Alpha-Beta / FlaG
機能・相同性FlaG-like / FlaG protein / FlaG-like superfamily / FlaG protein / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein YvyC
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Eletsky, A. / Liu, G. / Atreya, H.S. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Eletsky, A. / Liu, G. / Atreya, H.S. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Cunningham, K. / Janjua, H. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: NMR structure of protein YvyC from Bacillus subtilis reveals unexpected structural similarity between two PFAM families.
著者: Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2006年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yvyC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0941
ポリマ－14,0941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yvyC / ORF 99


分子量: 14093.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yvyC / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P39737

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-, 13Cali-, 13Caro-resolved NOESY
121(4,3)D GFT CABCA(CO)NHN
131(4,3)D GFT HNNCABCA
141(4,3)D GFT HABCAB(CO)NHN
151(4,3)D GFT (H)CCH-COSY (ali)
161(4,3)D GFT (H)CCH-COSY (aro)

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試料調製

詳細内容: 1.1 mM sr482 protein 10mM Tris buffer, 100mM NaCl, 0.02% NaN3, 95% H2O / 5% D20
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian, Inc.collection
XEASY1.3.13Bartels, Ch.データ解析
CARA1.5.3Keller, R.データ解析
PROSA6Guentert, P.解析
CYANA2.1Guentert, P.構造決定
CYANA2.1Guentert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Explicit water bath refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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