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万見
- PDB-2hax: Crystal structure of Bacillus caldolyticus cold shock protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hax
タイトルCrystal structure of Bacillus caldolyticus cold shock protein in complex with hexathymidine
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Cold shock protein cspB
キーワードGENE REGULATION/DNA / gene-expression regulator / beta barrel / protein-DNA complex / single-stranded DNA / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhinovirus 14, subunit 4 - #130 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain ...Rhinovirus 14, subunit 4 - #130 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Other non-globular / Nucleic acid-binding proteins / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Common mode of DNA binding to cold shock domains. Crystal structure of hexathymidine bound to the domain-swapped form of a major cold shock protein from Bacillus caldolyticus.
著者: Max, K.E. / Zeeb, M. / Bienert, R. / Balbach, J. / Heinemann, U.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE SHOWS A SWAPPED PROTEIN DIMER (2 CHAINS) IN COMPLEX WITH TWO HEXANUCLEOTIDES, WHEREAS IN SOLUTION THEY ONLY OBSERVE A SINGLE PROTEIN CHAIN IN COMPLEX WITH A SINGLE HEXANUCLEOTIDE. THEY THEREFORE EXPECT THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS A SINGLE CLOSED MONOMERIC PROTEIN CHAIN WITH A SINGLE LIGAND MOLECULE. SUCH A CLOSED MONOMERIC ENTITY WOULD CORRESPOND TO RESIDUES 1-36 OF CHAIN A AND RESIDUES 37-66 OF CHAIN B AND IT WOULD BE IN COMPLEX WITH LIGAND MOLECULE C. A SECOND BIOLOGICAL UNIT WOULD CONSIST OF RESIDUES 1-36 OF CHAIN B AND RESIDUES 37-66 OF CHAIN A. THIS MONOMERIC ENTITY WOULD BE IN COMPLEX WITH MOLECULE D.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Cold shock protein cspB
B: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5197
ポリマ－18,2434
非ポリマー2763
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.340, 64.890, 31.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-13-

HOH

詳細In solution binding of single hexanucleotides to unswapped Bc-Csp is observed.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3' / hexathymidine


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic deoxyribonucleotide
#2: タンパク質 Cold shock protein cspB


分子量: 7341.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldolyticus (バクテリア)
遺伝子: cspB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41016
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.02 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Si-111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.29→19.5 Å / Num. all: 38879 / Num. obs: 38068 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 16.166 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.68
反射 シェル解像度: 1.29→1.5 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. measured obs: 82397 / Num. unique all: 13269 / % possible all: 95.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.394 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.584 / Cor.coef. Io to Ic: 0.59
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å8 Å
Translation3 Å8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C9O

1c9o


解像度: 1.29→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.585 / SU ML: 0.025 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 1908 5 %RANDOM
Rwork0.13 ---
all0.132 38036 --
obs0.132 36128 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1117 246 1 250 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5672.1661962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9832775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3465134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.21295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1772659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.15831065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8784.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1666895
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.47921423
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.83110235
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.33101379
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.335 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.228 169
Rwork0.175 3408
obs-3577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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