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- PDB-2h8c: Structure of RusA D70N in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8c
タイトルStructure of RusA D70N in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
  • Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / RECOMBINATION / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase RusA / Holliday junction resolvase RusA-like / Crossover junction endodeoxyribonuclease, RusA / Holliday junction resolvase RusA-like superfamily / Endodeoxyribonuclease RusA / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Crossover junction endodeoxyribonuclease RusA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Macmaster, R.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: RusA Holliday junction resolvase: DNA complex structure--insights into selectivity and specificity.
著者: Macmaster, R. / Sedelnikova, S. / Baker, P.J. / Bolt, E.L. / Lloyd, R.G. / Rafferty, J.B.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
Z: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
W: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
X: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
A: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
B: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
C: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
D: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8698
ポリマ－68,8698
非ポリマー00
水362
1
W: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
X: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
A: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
B: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4344
ポリマ－34,4344
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
Z: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
C: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA
D: Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4344
ポリマ－34,4344
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.616, 59.483, 90.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量: 3350.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Crossover junction endodeoxyribonuclease rusA / Holliday junction nuclease rusA / Holliday junction resolvase


分子量: 13866.949 Da / 分子数: 4 / Mutation: D70N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rusA, rus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AG74, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.1
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium Fluoride, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.10
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Sodium Fluoride11
3Sodium Fluoride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→44 Å / Num. obs: 12485 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q8R

1q8r


解像度: 3.1→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 66.786 / SU ML: 0.525 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.551 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 601 4.8 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.249 11874 99.9 %-
all-12485 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 89.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å2-0.94 Å2
2--5.26 Å20 Å2
3----8.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 868 0 2 4344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0214561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9222.1976400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0955452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.93123.399153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.79215554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.221528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3040.22393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.22966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3970.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 45 -
Rwork0.452 850 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.40881.16090.68343.321.5917.89610.030.06290.0449-0.09890.0534-0.38980.18980.9308-0.0834-0.35280.10310.0404-0.2509-0.0356-0.449415.92681.40753.6776
24.145-0.9643-0.38277.1312-2.66149.10830.10240.0822-0.02420.12820.0201-0.3074-0.4992-0.2526-0.12260.0253-0.0495-0.1627-0.14310.1191-0.428741.179617.408752.0249
31.1584-1.338-0.807219.27236.22492.1426-0.0534-0.5642-0.01510.9082-0.24740.56040.1354-0.31660.3007-0.1094-0.0667-0.0732-0.0141-0.1533-0.51465.2621.567622.9458
45.19982.4075-4.1433.908-6.818221.8599-0.36680.4093-0.35910.29850.47930.30430.4728-2.0688-0.11250.2208-0.06230.09870.48920.1837-0.109537.569722.997725.3321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE2 - 1182 - 118
2X-RAY DIFFRACTION1BF2 - 1172 - 117
3X-RAY DIFFRACTION2CG2 - 1182 - 118
4X-RAY DIFFRACTION2DH2 - 1182 - 118
5X-RAY DIFFRACTION3WC2 - 121 - 11
6X-RAY DIFFRACTION3XD2 - 121 - 11
7X-RAY DIFFRACTION4YA2 - 121 - 11
8X-RAY DIFFRACTION4ZB2 - 111 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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