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万見
- PDB-2h8a: Structure of Microsomal Glutathione Transferase 1 in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8a
タイトルStructure of Microsomal Glutathione Transferase 1 in Complex with Glutathione
要素Microsomal glutathione S-transferase 1
キーワードTRANSFERASE / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / Glutathione conjugation / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / glutathione transferase ...cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / Glutathione conjugation / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / apical part of cell / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Microsomal glutathione S-transferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hebert, H.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Structural basis for detoxification and oxidative stress protection in membranes.
著者: Peter J Holm / Priyaranjan Bhakat / Caroline Jegerschöld / Nobuhiko Gyobu / Kaoru Mitsuoka / Yoshinori Fujiyoshi / Ralf Morgenstern / Hans Hebert /
要旨: Synthesis of mediators of fever, pain and inflammation as well as protection against reactive molecules and oxidative stress is a hallmark of the MAPEG superfamily (membrane associated proteins in ...Synthesis of mediators of fever, pain and inflammation as well as protection against reactive molecules and oxidative stress is a hallmark of the MAPEG superfamily (membrane associated proteins in eicosanoid and glutathione metabolism). The structure of a MAPEG member, rat microsomal glutathione transferase 1, at 3.2 A resolution, solved here in complex with glutathione by electron crystallography, defines the active site location and a cytosolic domain involved in enzyme activation. The glutathione binding site is found to be different from that of the canonical soluble glutathione transferases. The architecture of the homotrimer supports a catalytic mechanism involving subunit interactions and reveals both cytosolic and membraneous substrate entry sites, providing a rationale for the membrane location of the enzyme.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年1月18日Group: Non-polymer description
改定 1.42012年3月21日Group: Non-polymer description
改定 1.52024年2月14日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_single_particle_entity / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6692
ポリマ－17,3611
非ポリマー3071
水00
1
A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子

A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子

A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0066
ポリマ－52,0843
非ポリマー9223
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.800, 81.800, 100.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Microsomal glutathione S-transferase 1 / Microsomal GST- 1 / Microsomal GST-I


分子量: 17361.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P08011, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Microsomal Glutathione Transferase 1 in Complex with Glutathione
タイプ: COMPLEX / 詳細: Embedded in trehalose
緩衝液名称: potassium phosphate / pH: 8 / 詳細: potassium phosphate
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Carbon coated Mo-grids

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 3000SFF / 詳細: Electron diffraction at 1.2 m camera length
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 1.6 mm
試料ホルダ温度: 4 K / 傾斜角・最大: 62.6 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
詳細: Kodak SO163 film for images, CCD for electron diffraction patterns
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
CTF補正詳細: Crystallographic
3次元再構成手法: Crystallographic / 解像度: 3.2 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 1.17 Å
倍率補正: Gold electron diffraction to establish exact unit cell parameters
対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化解像度: 3.2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.619 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.356 / SU B: 29.134 / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.747 / ESU R Free: 0.635 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37628 457 9.4 %RANDOM
Rwork0.33894 ---
obs0.34237 4409 79.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.58 Å2-1.29 Å20 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数964 0 20 0 984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0130.0221004
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.8631.991358
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg9.8555119
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg36.93621.2241
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg26.2315165
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg16.716159
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.120.2159
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0060.02742
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.3630.2806
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.3360.2672
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.2670.291
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_refined0.4140.269
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_refined0.3750.26
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it0.5291.5610
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it0.9812970
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it1.1313431
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it1.6664.5388
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_free
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.274 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 29 -
Rwork0.314 262 -
obs--64.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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