PDB-2h7f: Structure of variola topoisomerase covalently bound to DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h7f

タイトル

Structure of variola topoisomerase covalently bound to DNA

要素

5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
DNA topoisomerase 1

キーワード

ISOMERASE/DNA / type IB topoisomerase / dna binding / protein-dna complex / isomerase / ISOMERASE-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / virion component / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Variola virus (天然痘ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Perry, K. / Hwang, Y. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural basis for specificity in the poxvirus topoisomerase.
著者: Perry, K. / Hwang, Y. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.

履歴

登録	2006年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2h7f.ent.gz	68.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/2h7f	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

Y: 5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*GP*CP*CP*CP*TP*T)-3'

Z: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*AP*CP*A)-3'

X: DNA topoisomerase 1

44.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.523, 138.232, 113.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-327- HOH

#1: DNA鎖	5'-D(TPTPGPTPCPGPCPCPCPTPT)-3' 分子量: 3291.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成
#2: DNA鎖	5'-D(TPAPAPTPAPAPGPGPGPCPGPAPCPA)-3' 分子量: 4337.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質	DNA topoisomerase 1 / E.C.5.99.1.2 / DNA topoisomerase I 分子量: 36697.430 Da / 分子数: 1 / Mutation: C100S, C211S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Variola virus (天然痘ウイルス) 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: TOP1 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32989, EC: 5.99.1.2
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 8000	1	1
2	Tris-HCl	1	1
3	H2O	1	1
4	PEG 8000	1	2
5	Tris-HCl	1	2
6	H2O	1	2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	0.97917
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2	0.97952, 0.97935, 0.96394

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2005年4月12日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2005年4月12日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97917	1
2	0.97952	1
3	0.97935	1
4	0.96394	1

Reflection

D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / 冗長度: 4.3 %

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	15.7	72121	0.069	1.53	11747	97.5
2	15.7	74536	0.071	1.53	11773	97.7
3	15.3	74320	0.068	1.41	11768	97.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.63	50	90.9	1	0.051	2.144	4.1
5.27	6.63	96	1	0.068	2.382	4.3
4.6	5.27	97.1	1	0.061	2.05	4.3
4.18	4.6	97.5	1	0.061	1.796	4.3
3.88	4.18	98.1	1	0.071	1.796	4.2
3.65	3.88	98.6	1	0.082	1.591	4.3
3.47	3.65	98.8	1	0.094	1.466	4.3
3.32	3.47	98.6	1	0.115	1.256	4.3
3.19	3.32	98.9	1	0.146	1.111	4.3
3.08	3.19	98.5	1	0.217	1.001	4.4
2.99	3.08	99.2	1	0.294	0.922	4.3
2.9	2.99	98.7	1	0.335	0.873	4.3
6.63	50	91.5	2	0.052	2.106	4.1
5.27	6.63	96.1	2	0.067	2.279	4.3
4.6	5.27	97.1	2	0.061	2.01	4.3
4.18	4.6	97.7	2	0.062	1.792	4.3
3.88	4.18	98.2	2	0.072	1.811	4.2
3.65	3.88	98.9	2	0.084	1.597	4.3
3.47	3.65	98.8	2	0.098	1.531	4.3
3.32	3.47	98.8	2	0.118	1.284	4.3
3.19	3.32	99.1	2	0.152	1.147	4.3
3.08	3.19	98.8	2	0.216	0.998	4.4
2.99	3.08	99.4	2	0.298	0.923	4.3
2.9	2.99	99	2	0.347	0.91	4.3
6.63	50	91.6	3	0.046	1.8	4.1
5.27	6.63	96	3	0.063	1.945	4.3
4.6	5.27	97	3	0.058	1.775	4.3
4.18	4.6	97.4	3	0.059	1.645	4.3
3.88	4.18	98.2	3	0.07	1.692	4.2
3.65	3.88	98.8	3	0.083	1.523	4.3
3.47	3.65	98.8	3	0.096	1.419	4.3
3.32	3.47	98.9	3	0.118	1.258	4.3
3.19	3.32	99.1	3	0.153	1.117	4.3
3.08	3.19	98.8	3	0.225	0.994	4.4
2.99	3.08	99.3	3	0.307	0.914	4.3
2.9	2.99	99	3	0.357	0.887	4.3

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14945 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Χ²: 1.212 / Net I/σ(I): 29.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.78	4.3	0.199	1214	1.266	1,2	99.8
2.78-2.87	4.3	0.152	1231	1.443	1,2	99.8
2.87-2.97	4.4	0.117	1238	1.2	1,2	99.8
2.97-3.09	4.3	0.095	1224	1.277	1,2	99.7
3.09-3.23	4.3	0.07	1239	1.139	1,2	99.8
3.23-3.4	4.3	0.054	1219	1.159	1,2	99.8
3.4-3.61	4.3	0.043	1248	1.266	1,2	99.7
3.61-3.89	4.2	0.043	1247	1.739	1,2	99.9
3.89-4.29	4.3	0.031	1246	1.034	1,2	99.7
4.29-4.9	4.3	0.032	1252	1.148	1,2	99.5
4.9-6.18	4.3	0.029	1274	1.005	1,2	99.5
6.18-50	4.1	0.034	1313	0.884	1,2	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.98 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.42 / 反射: 10709

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9793	4.51	-8.35
1	3 wavelength	2	0.9795	4.36	-10.18
1	3 wavelength	3	0.9639	3.21	-5.26

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.191	0.221	0.043	0.556
2	Se	60	0.03	0.278	0.098	0.621
3	Se	60	0.145	0.282	0.101	0.699
4	Se	60	0.221	0.148	0.155	0.575
5	Se	60	0.821	0.226	0.083	0.547
6	Se	60	0.362	0.123	0.112	0.425
7	Se	60	0.078	0.234	0.015	0.449
8	Se	60	0.144	0.009	0.086	0.384
9	Se	60	0.425	0.487	0.053	0.278

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.87-20	0.55	571
6.53-9.87	0.62	900
5.2-6.53	0.55	1129
4.44-5.2	0.47	1338
3.94-4.44	0.43	1496
3.58-3.94	0.4	1637
3.3-3.58	0.33	1762
3.08-3.3	0.25	1876

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 24.213 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.725 / ESU R Free: 0.307
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	770	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
all	0.193	-	-	-
obs	0.193	15090	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2585	505	0	54	3144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	2.171	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.721	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.073	23.697	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.164	15	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.93	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.52	1.5	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.915	2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.229	3	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.982	4.5	1903

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	56	-
R_work	0.315	1047	-
obs	-	1103	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0003	2.6217	-2.1735	10.4924	2.3476	6.5469	-0.2087	0.0486	-1.1335	0.0759	-0.1824	0.4188	1.7735	-0.4414	0.3911	0.4163	-0.3041	0.1107	-0.1459	-0.1391	0.1603	-9.5229	-2.6204	14.7187
2	5.8249	-0.3012	-0.7778	3.7414	-0.2377	4.7873	-0.0249	0.1765	0.2524	-0.0167	-0.2104	-0.1546	-0.2773	0.378	0.2353	-0.2903	-0.0979	-0.0619	-0.208	0.0228	-0.3651	9.1895	29.0344	12.2459
3	3.6644	-0.5193	0.7915	3.747	-0.3929	6.4753	0.055	0.2887	-0.2132	-0.3867	0.1976	0.8872	0.2026	-0.6769	-0.2526	-0.1359	-0.1469	0.0225	-0.1391	-0.102	-0.0926	-8.9327	17.4861	9.3722

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	75 - 314
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Y	501 - 511

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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