PDB-2h6c: Crystal structure of reduced CprK in absence of any ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h6c

タイトル

Crystal structure of reduced CprK in absence of any ligand

要素

ChloroPhenol Reduction gene K

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

DNA binding (デオキシリボ核酸) /

helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) /

chlorophenol /

halorespiration /

CprK (祖国平和統一委員会)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfitobacterium dehalogenans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Levy, C. / Leys, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: CprK Crystal Structures Reveal Mechanism for Transcriptional Control of Halorespiration.
著者: Joyce, M.G. / Levy, C. / Pop, S.M. / Biehl, B.D. / Doukov, T.I. / Ryter, J.M. / Mazon, H. / Smidt, H. / van den Heuvel, R.H. / Ragsdale, S.W. / van der Oost, J. / Leys, D.

履歴

登録	2006年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE IN ANY UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE TIME ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h6c.cif.gz	92.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h6c.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/2h6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h6bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h2g-d 5nj2-d 4kbr-11 4ef2-d 6h2i-d 4yg4-d 2d62-d 4kbr-9 3od9-d 3lb5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (6) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ChloroPhenol Reduction gene K

B: ChloroPhenol Reduction gene K

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.637, 50.030, 76.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	GLY	GLY	A	A	20 - 40	20 - 40
2	1	PHE	PHE	GLY	GLY	B	B	20 - 40	20 - 40
1	2	THR	THR	ILE	ILE	A	A	50 - 84	50 - 84
2	2	THR	THR	ILE	ILE	B	B	50 - 84	50 - 84
1	3	ASN	ASN	TRP	TRP	A	A	93 - 106	93 - 106
2	3	ASN	ASN	TRP	TRP	B	B	93 - 106	93 - 106
1	4	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	112 - 135	112 - 135
2	4	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	112 - 135	112 - 135
1	5	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	153 - 215	153 - 215
2	5	ILE	ILE	ILE	ILE	B	B	153 - 215	153 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	ChloroPhenol Reduction gene K / CprK 分子量: 26677.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium dehalogenans (バクテリア) 遺伝子: cprK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LAS2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 8% PEG 3350, 115mM MgCl2, 10mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 16387 / % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / R_merge(I) obs: 0.257 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2H6B

2h6b

解像度: 2.9→29.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 30.826 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30723	582	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23181	-	-	-
all	0.2354	-	-	-
obs	0.2354	11256	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3281	0	0	0	3281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.075	1.964	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.963	3	7172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.955	5	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.373	23.724	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.274	15	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.611	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.216	0.2	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.108	0.2	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.547	1.5	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.098	1.5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.927	2	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.477	3	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.299	4.5	1198

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	331	loose positional	0.13	5
2	517	loose positional	0.15	5
3	215	loose positional	0.15	5
4	387	loose positional	0.54	5
5	884	loose positional	0.21	5
1	331	loose thermal	0.91	10
2	517	loose thermal	1.17	10
3	215	loose thermal	0.91	10
4	387	loose thermal	1.14	10
5	884	loose thermal	0.97	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	39	-
R_work	0.337	832	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.845	0.413	5.0098	1.0443	-0.9337	6.6189	-0.1922	-0.7566	-0.2873	0.488	0.1879	0.1626	-0.0355	-0.2201	0.0043	0.0746	0.1255	0.0183	0.0385	0.0942	-0.1169	44.7169	-20.0778	30.1483
2	3.7645	2.5256	0.3634	1.747	0.5073	1.3546	-0.2255	0.1163	0.1223	0.1391	0.0457	-0.5433	-0.6735	0.4267	0.1798	0.2056	-0.0764	-0.1276	0.2705	0.0295	-0.0345	57.6133	-9.3626	22.3074
3	8.4577	-0.7892	2.6295	3.2661	0.1246	3.2528	-0.2058	-0.2183	0.6134	0.342	0.0139	-0.0219	-0.2024	-0.1016	0.192	-0.2025	0.0275	0.0584	-0.2679	0.038	-0.1444	21.7009	-3.1275	2.1532
4	5.9504	-0.0029	0.6314	3.0812	-0.3078	1.0446	-0.0221	-0.3346	-0.7759	0.5338	0.2494	-0.099	0.2398	-0.058	-0.2273	-0.0467	-0.0328	0.09	-0.1103	0.068	-0.2028	16.8477	-31.7628	12.2682
5	5.2136	-0.7217	0.975	3.1931	0.4124	0.2792	0.1196	-0.27	-0.0304	0.1355	0.1225	0.3629	0.0679	-0.2644	-0.2421	-0.2127	-0.0098	0.1463	-0.0876	0.09	-0.3669	9.4195	-16.9416	3.7806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	140 - 222	140 - 222
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	140 - 222	140 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	19 - 108	19 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	19 - 108	19 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	109 - 136	109 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	109 - 136	109 - 136

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