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- PDB-3lb5: Crystal structure of Hit-like protein involved in cell-cycle regu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lb5
タイトルCrystal structure of Hit-like protein involved in cell-cycle regulation from Bartonella henselae with unknown ligand
要素Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
キーワードCELL CYCLE / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / histidine triad / HIT / histidine triad nucleotide binding protein / HINT / unknown ligand / bacteremia / cat-scratch disease / Bartonellosis
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
HINT family / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Hit-like protein involved in cell-cycle regulation / Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Hit-like protein involved in cell-cycle regulation from Bartonella henselae with unknown ligand
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2010年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
B: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
C: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
D: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4118
ポリマ－72,4114
非ポリマー04
水6,395355
1
A: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
B: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2064
ポリマ－36,2062
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
C: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation
D: Hit-like protein involved in cell-cycle regulation


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2064
ポリマ－36,2062
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.710, 97.920, 111.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A3 - 140
2116B3 - 140
3116C3 - 140
4116D3 - 140

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要素

#1: タンパク質
Hit-like protein involved in cell-cycle regulation


分子量: 18102.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
遺伝子: BH06190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G5D3, UniProt: A0A0H3M325*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE COORDINATES OF LIGAND UNL RESEMBLES NICOTINAMIDE. BUT NICOTINAMIDE WAS NOT ADDED TO THE SAMPLE. ...THE COORDINATES OF LIGAND UNL RESEMBLES NICOTINAMIDE. BUT NICOTINAMIDE WAS NOT ADDED TO THE SAMPLE. IT CAN BE PART OF SOME OTHER NUCLEOBASE OF A PYRIMIDINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PACT screen condition B8, 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000, 25% EG as cryo-protectant; crystal tracking ID 202910b8; tag not removed prior to crystallization, VAPOR ...詳細: PACT screen condition B8, 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6000, 25% EG as cryo-protectant; crystal tracking ID 202910b8; tag not removed prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 75981 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.426 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.36
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 15334 / Num. unique all: 5338 / Num. unique obs: 5338 / % possible all: 94.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 57.16 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å32.57 Å
Translation3 Å32.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3imi

3imi


解像度: 1.9→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.868 / SU B: 7.654 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / SU Rfree: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1982 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 39631 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.97 Å2 / Biso mean: 12.896 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4122 0 36 355 4513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9695780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0225532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.34125184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2615737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2091520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.52674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0724341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92631584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.064.51434
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 971 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.385
2BLOOSE POSITIONAL0.385
3CLOOSE POSITIONAL0.495
4DLOOSE POSITIONAL0.395
1ALOOSE THERMAL1.4110
2BLOOSE THERMAL1.6310
3CLOOSE THERMAL2.1410
4DLOOSE THERMAL1.6310
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 140 -
Rwork0.222 2602 -
all-2742 -
obs--94.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50360.02040.15432.0745-0.19040.9990.0626-0.03520.10820.0174-0.0540.0094-0.1752-0.041-0.00870.0783-0.03030.00310.0523-0.00730.014419.62627.3841-24.3884
21.00170.0314-0.21581.8133-0.25661.3245-0.0174-0.0069-0.0073-0.139-0.0526-0.15830.10460.17740.070.0441-0.01430.01330.05630.01390.016825.7236-14.6338-24.9186
32.8517-0.308-0.67361.52270.28230.994-0.06770.05990.00930.02110.05990.0884-0.0273-0.17110.00780.0554-0.01080.00360.0678-0.00670.0104-11.8422-18.4113-1.5688
41.65420.0634-0.26251.81360.13040.6493-0.063-0.0977-0.15220.0767-0.01180.0230.08910.05040.07470.0492-0.01370.01550.02310.00890.01946.3871-31.4138-6.5209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1A141
3X-RAY DIFFRACTION1A177 - 271
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 140
5X-RAY DIFFRACTION2B141
6X-RAY DIFFRACTION2B272 - 354
7X-RAY DIFFRACTION3C3 - 140
8X-RAY DIFFRACTION3C141
9X-RAY DIFFRACTION3C355 - 429
10X-RAY DIFFRACTION4D4 - 140
11X-RAY DIFFRACTION4D141
12X-RAY DIFFRACTION4D430 - 531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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