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- PDB-2h5y: Crystallographic structure of the Molybdate-Binding Protein of Xa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h5y
タイトルCrystallographic structure of the Molybdate-Binding Protein of Xanthomonas citri at 1.7 Ang resolution bound to molybdate
要素Molybdate-binding periplasmic protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Molybdate-binding protein / ModA / Xanthomonas axonopodis pv. citri
機能・相同性
機能・相同性情報


tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDATE ION / Molybdate-binding protein ModA
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Balan, A. / Santacruz, C.P. / Ferreira, L.C.S. / Barbosa, J.A.R.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization, data collection and phasing of the molybdate-binding protein of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. citri
著者: Santacruz, C.P. / Balan, A. / Ferreira, L.C. / Barbosa, J.A.R.G.
履歴
登録2006年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdate-binding periplasmic protein
B: Molybdate-binding periplasmic protein
C: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,95310
ポリマ－80,0893
非ポリマー8647
水14,934829
1
A: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0484
ポリマ－26,6961
非ポリマー3523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9523
ポリマ－26,6961
非ポリマー2562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9523
ポリマ－26,6961
非ポリマー2562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Molybdate-binding periplasmic protein
B: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子

A: Molybdate-binding periplasmic protein
B: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,00114
ポリマ－106,7854
非ポリマー1,21610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area6800 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area35250 Å2
手法PISA
5
C: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子

C: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9046
ポリマ－53,3922
非ポリマー5124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.153, 172.138, 112.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-3432-

HOH

21C-3508-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Molybdate-binding periplasmic protein


分子量: 26696.189 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
生物種: Xanthomonas axonopodis / 株: 306 / 遺伝子: modA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PHA1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE IS LEU AND IS PROBABLY A REAL VARIANT PRESENT IN NATURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 4000 , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.421 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.421 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 72786 / Num. obs: 72786 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AMF

1amf


解像度: 1.7→30.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.472 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.; Although waters 481 and 659 are about 0.02 Ang outside the limit of 0.15 Ang stated in the remark 375, they are considered by the authors ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.; Although waters 481 and 659 are about 0.02 Ang outside the limit of 0.15 Ang stated in the remark 375, they are considered by the authors to be in special positions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20237 2188 3 %RANDOM
Rwork0.16726 ---
obs0.16833 70345 99.32 %-
all-72533 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 35 829 6003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.9727216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5725694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64723.069202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61315834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5071543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.23648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.23828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6571.53490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03225534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77631960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9964.51682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 140 -
Rwork0.283 4983 -
obs--96.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.160.3646-0.60040.8004-0.24661.3894-0.03580.0386-0.0407-0.04140.01860.04660.0245-0.03890.0172-0.15130.0185-0.0026-0.1571-0.0052-0.15072.744226.7213-1.0951
20.9633-0.14950.11281.524-0.01651.236-0.00510.03660.0764-0.0896-0.0182-0.0496-0.10420.03280.0233-0.1641-0.01050.0135-0.1493-0.0088-0.157415.551538.82222.8298
31.59480.5782-0.24351.98620.51682.12010.0486-0.0363-0.05030.13250.0394-0.1852-0.01040.18-0.088-0.13210.0181-0.0348-0.1438-0.0308-0.113823.94132.436214.5503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 23322 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 23321 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 23322 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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