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- PDB-2h5e: Crystal structure of E.coli polypeptide release factor RF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h5e
タイトルCrystal structure of E.coli polypeptide release factor RF3
要素Peptide chain release factor RF-3
キーワードTRANSLATION / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / translational termination / maintenance of translational fidelity / GDP binding / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 3, domain III / Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site ...Peptide chain release factor 3, domain III / Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Peptide chain release factor RF3 / Peptide chain release factor RF3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Song, H.W. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2007
タイトル: RF3 induces ribosomal conformational changes responsible for dissociation of class I release factors.
著者: Haixiao Gao / Zhihong Zhou / Urmila Rawat / Chenhui Huang / Lamine Bouakaz / Chernhoe Wang / Zhihong Cheng / Yuying Liu / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / ...著者: Haixiao Gao / Zhihong Zhou / Urmila Rawat / Chenhui Huang / Lamine Bouakaz / Chernhoe Wang / Zhihong Cheng / Yuying Liu / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / Haiwei Song /
要旨: During translation termination, class II release factor RF3 binds to the ribosome to promote rapid dissociation of a class I release factor (RF) in a GTP-dependent manner. We present the crystal ...During translation termination, class II release factor RF3 binds to the ribosome to promote rapid dissociation of a class I release factor (RF) in a GTP-dependent manner. We present the crystal structure of E. coli RF3*GDP, which has a three-domain architecture strikingly similar to the structure of EF-Tu*GTP. Biochemical data on RF3 mutants show that a surface region involving domains II and III is important for distinct steps in the action cycle of RF3. Furthermore, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the posttermination ribosome bound with RF3 in the GTP form. Our data show that RF3*GTP binding induces large conformational changes in the ribosome, which break the interactions of the class I RF with both the decoding center and the GTPase-associated center of the ribosome, apparently leading to the release of the class I RF.
履歴
登録2006年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide chain release factor RF-3
B: Peptide chain release factor RF-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1904
ポリマ－119,3042
非ポリマー8862
水1,63991
1
A: Peptide chain release factor RF-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0952
ポリマ－59,6521
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptide chain release factor RF-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0952
ポリマ－59,6521
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.174, 239.781, 69.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y-1, z-1 and -x+y, -x-1, z-l.

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要素

#1: タンパク質 Peptide chain release factor RF-3


分子量: 59651.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5a / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2M5U3, UniProt: P0A7I4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7%-12% (w/v) PEG 3350, 0.02M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9788, 0.9795, 0.9763
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97951
30.97631
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 29229 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
REFMAC5精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 -RANDOM
Rwork0.225 --
all0.225 --
obs-29229 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7663 0 56 91 7810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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