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万見
- PDB-2h39: Crystal Structure of an ADP-Glucose Phosphorylase from Arabidopsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h39
タイトルCrystal Structure of an ADP-Glucose Phosphorylase from Arabidopsis thaliana with bound ADP-Glucose
要素Probable galactose-1-phosphate uridyl transferase
キーワードTRANSFERASE / At5g18200 / ADP-GLUCOSE / GALT-LIKE / STRUCTURAL GENOMICS FUNCTIONAL FOLLOW-UP STUDY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-5-phosphate adenylyltransferase activity / positive regulation of cellular response to phosphate starvation / UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactose metabolic process / nucleotidyltransferase activity / ADP binding / glucose metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / carbohydrate metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, N-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, C-terminal domain / Galactose-1-phosphate uridyl transferase, class I / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / ADP-glucose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an ADP-Glucose Phosphorylase from Arabidopsis thaliana with bound ADP-Glucose
著者: McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure and Mechanism of an ADP-Glucose Phosphorylase from Arabidopsis thaliana
著者: McCoy, J.G. / Arabshahi, A. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Ruzicka, F.J. / Frey, P.A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年6月13日ID: 2GDK
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation / diffrn_source
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable galactose-1-phosphate uridyl transferase
B: Probable galactose-1-phosphate uridyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,45510
ポリマ－77,9442
非ポリマー1,5118
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.318, 95.454, 110.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B).

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要素

#1: タンパク質 Probable galactose-1-phosphate uridyl transferase / Gal-1-P uridylyltransferase / UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase


分子量: 38972.062 Da / 分子数: 2 / 変異: H186G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g18200 / プラスミド: PVP-16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) P(RARE)
参照: UniProt: Q9FK51, UDP-glucose-hexose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ADQ / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / ADPグルコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 20% PEG 2000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.10M MES-ACETATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM-R / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日 / 詳細: MONTEL OPTICS
放射モノクロメーター: Graded Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→47.73 Å / Num. obs: 32389 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.78 % / Rmerge(I) obs: 0.1912 / Net I/σ(I): 11.28
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
2.23-2.257.340.67562.9284099.9
2.25-2.37.550.56713.541969100
2.3-2.357.890.55823.851816100
2.35-2.48.10.54284165799.9
2.4-2.58.540.49624.472954100
2.5-2.69.180.44995.112514100
2.6-2.79.760.38146.342170100
2.7-2.810.460.33997.341869100
2.8-2.9511.40.29438.82336100
2.95-3.112.720.250411.071936100
3.1-3.314.020.217913.552065100
3.3-3.5514.110.178216.191957100
3.55-3.8513.590.165518.061755100
3.85-4.2514.580.127820.971622100
4.25-4.915.850.110323.231663100
4.9-6.2519.920.111324.711639100
6.25-47.7318.070.09326.04162799.6

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.416 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.593
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å72.23 Å
Translation3 Å72.23 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1Z84

1z84


解像度: 2.23→47.727 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.17 / SU B: 6.285 / SU ML: 0.157 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1639 5.074 %
Rwork0.1761 --
all0.179 --
obs-32302 99.91 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.776 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.031 Å20 Å20 Å2
2---0.031 Å20 Å2
3---0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→47.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4904 0 82 371 5357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.9736975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.735615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76124.081223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84215829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7561524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1780.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51623212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7345082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72282189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.78431893
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2.23-2.2880.3191170.21822250.223234999.702
2.288-2.3510.3011180.221690.205228999.913
2.351-2.4180.2681150.20521010.208221899.91
2.418-2.4930.31100.20620360.21214799.953
2.493-2.5740.31060.19820400.2032146100
2.574-2.6640.2991160.19219170.1982033100
2.664-2.7650.316930.18618750.191197099.898
2.765-2.8770.2551010.1917820.194188499.947
2.877-3.0040.228980.18817270.191825100
3.004-3.1510.25950.1716450.1741740100
3.151-3.320.259850.17215910.1761676100
3.32-3.520.2730.15815160.16159099.937
3.52-3.7620.208760.15314090.156148799.866
3.762-4.0610.201620.1513390.152140399.857
4.061-4.4460.196590.14612170.1481276100
4.446-4.9650.199580.13111170.135117799.83
4.965-5.7230.234610.1629980.1661059100
5.723-6.9840.223490.1888470.19896100
6.984-9.7730.165330.1726850.17271999.861
9.773-47.7270.183140.2324270.2344798.658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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