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- PDB-1j0a: Crystal Structure Analysis of the ACC deaminase homologue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j0a
タイトルCrystal Structure Analysis of the ACC deaminase homologue
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
キーワードLYASE / PLP dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase activity / D-cysteine desulfhydrase activity
類似検索 - 分子機能
D-cysteine desulfhydrase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase/D-cysteine desulfhydrase / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Putative 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fujino, A. / Ose, T. / Honma, M. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural and enzymatic properties of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase homologue from Pyrococcus horikoshii
著者: Fujino, A. / Ose, T. / Yao, M. / Tokiwano, T. / Honma, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,78810
ポリマ－105,6983
非ポリマー1,0907
水1,69394
1
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子

A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2728
ポリマ－70,4662
非ポリマー8076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
2
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1526
ポリマ－70,4662
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
3
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子

A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子

B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子

B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,57620
ポリマ－211,3976
非ポリマー2,17914
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z+1/31
crystal symmetry operation6_655-x+1,-x+y,-z+2/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area23360 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area62450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.340, 122.340, 115.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase / AHP / ACC deaminase


分子量: 35232.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57809, EC: 4.1.99.4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: ammonium sulfate, 2-propanol, phosphate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / PH range low: 7 / PH range high: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium potassium phosphate1reservoirpH6.2-7.0
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
43-8 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9792, 0.9795, 0.9640
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97951
30.9641
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 34218 / Num. obs: 34168 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 51.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4953 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
最低解像度: 39 Å / Num. obs: 2668 / Num. measured all: 34161
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 98.6 % / Num. unique obs: 282 / Num. measured obs: 4953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 2759 -RANDOM
Rwork0.2012 ---
all-34194 --
obs-33228 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.2873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.164 Å2-2.143 Å20 Å2
2--2.164 Å20 Å2
3----4.329 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7452 0 64 94 7610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009681
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54243
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.0174
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.0257
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 238 -
Rwork0.2936 --
obs-2963 89.03 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.542
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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