PDB-2h34: Apoenzyme crystal structure of the tuberculosis serine/threonine ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h34

タイトル

Apoenzyme crystal structure of the tuberculosis serine/threonine kinase, PknE

要素

Serine/threonine-protein kinase pknE

キーワード

TRANSFERASE / apoenzyme / serine/threonine protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to nitrosative stress / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Gay, L.M. / Ng, H.L. / Alber, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Conserved Dimer and Global Conformational Changes in the Structure of apo-PknE Ser/Thr Protein Kinase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gay, L.M. / Ng, H.L. / Alber, T.

履歴

登録	2006年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h34.cif.gz	106.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h34.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h34_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h34_full_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示
XML形式データ	2h34_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	2h34_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2og8-1 4csv-d 1vl5-1 3efw-2 1j6r-2 2v5g-1 3tx4-2 7a11-1 4g34-d 1xxl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase pknE

B: Serine/threonine-protein kinase pknE

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase pknE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase pknE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.078, 77.078, 221.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B)

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase pknE 分子量: 34058.152 Da / 分子数: 2 / 断片: phosphotransfer catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: pknE / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P72001, UniProt: P9WI77*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.781035 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.771862 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG 8000, 0.2M NaBr, 0.1M HEPES pH 7.0, microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月27日

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 12.3 / 数: 106124 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 2.82 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.03	50	99.2	1	0.074	13.28	5.6
4.79	6.03	100	1	0.07	4.678	5.8
4.18	4.79	100	1	0.061	2.641	5.9
3.8	4.18	100	1	0.071	1.878	5.8
3.53	3.8	100	1	0.09	1.486	5.8
3.32	3.53	100	1	0.133	1.107	5.8
3.15	3.32	100	1	0.197	0.954	5.8
3.02	3.15	100	1	0.289	0.816	5.8
2.9	3.02	100	1	0.408	0.795	5.8
2.8	2.9	100	1	0.615	0.755	5.8

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 2.816 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	5.8	0.615	1819	0.755	1	100
2.9-3.02	5.8	0.408	1807	0.795	1	100
3.02-3.15	5.8	0.289	1830	0.816	1	100
3.15-3.32	5.8	0.197	1819	0.954	1	100
3.32-3.53	5.8	0.133	1827	1.107	1	100
3.53-3.8	5.8	0.09	1827	1.486	1	100
3.8-4.18	5.8	0.071	1822	1.878	1	100
4.18-4.79	5.9	0.061	1838	2.641	1	100
4.79-6.03	5.8	0.07	1830	4.678	1	100
6.03-50	5.6	0.074	1849	13.28	1	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.34 / 反射: 17500

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.559	0.02	0.166	1.43
2	Se	60	0.428	0.659	0.036	1.329
3	Se	60	0.918	0.376	0.166	1.465
4	Se	60	0.027	0.662	0.141	1.309
5	Se	60	0.593	0.385	0.054	1.151
6	Se	60	0.311	0.236	0.083	1.168
7	Se	60	0.225	0.969	0.049	1.182
8	Se	60	0.404	0.554	0.041	0.969
9	Se	60	0.206	0.809	0.075	0.71
10	Se	60	0.402	0.697	0.027	1.048
11	Se	60	0.39	0.787	0.034	0.842
12	Se	60	0.147	0.804	0.087	0.839
13	Se	60	0.162	0.842	0.073	0.782
14	Se	60	0.216	0.274	0.096	0.497
15	Se	60	0.208	0.34	0.081	0.593
16	Se	60	0.17	0.282	0.103	0.479

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.1-50	0.52	830
6.37-10.1	0.57	1481
4.98-6.37	0.49	1907
4.22-4.98	0.44	2251
3.73-4.22	0.37	2523
3.37-3.73	0.29	2746
3.1-3.37	0.22	2872
2.89-3.1	0.14	2890

Phasing dm

FOM : 0.62 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.64 / 反射: 17501 / Reflection acentric: 17178 / Reflection centric: 323

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-34.149	0.97	0.97	0.95	787	747	40
5-8	0.91	0.91	0.78	2423	2357	66
4-5	0.86	0.86	0.7	3043	2982	61
3.5-4	0.75	0.75	0.67	3012	2965	47
3-3.5	0.45	0.45	0.47	5251	5180	71
2.8-3	0.23	0.23	0.27	2985	2947	38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→34.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.266 / WR_factor R_work: 0.217 / SU B: 34.573 / SU ML: 0.309 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.824 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	908	5.2 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
all	0.218	-	-	-
obs	0.218	17499	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	-0.16 Å²	0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3642	0	3	0	3645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.208	1.976	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.104	5	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.204	22.956	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.599	15	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.808	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.488	1.5	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.949	2	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.73	3	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.722	4.5	1198

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.8-2.873	0.314	62	0.287	1081	1143
2.873-2.951	0.319	72	0.262	1071	1143
2.951-3.036	0.276	63	0.235	1109	1172
3.036-3.129	0.292	65	0.249	1078	1143
3.129-3.231	0.306	60	0.237	1089	1149
3.231-3.343	0.29	67	0.227	1063	1130
3.343-3.468	0.297	56	0.228	992	1048
3.468-3.608	0.211	56	0.187	1019	1075
3.608-3.766	0.221	55	0.212	950	1005
3.766-3.948	0.322	47	0.216	935	982
3.948-4.158	0.257	44	0.199	899	943
4.158-4.407	0.248	42	0.206	825	867
4.407-4.705	0.309	35	0.186	809	844
4.705-5.074	0.27	33	0.2	756	789
5.074-5.546	0.222	38	0.224	678	716
5.546-6.18	0.245	27	0.259	619	646
6.18-7.098	0.301	34	0.231	553	587
7.098-8.6	0.227	20	0.202	476	496
8.6-11.793	0.221	21	0.159	358	379
11.793-34.1	0.263	11	0.282	231	242

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.477	-0.4095	-0.1316	4.7689	-2.5168	2.3269	0.5644	-0.9821	0.5417	0.9979	-0.3903	1.182	-1.0035	-0.7901	-0.1741	0.1788	-0.036	0.228	0.3716	-0.232	0.0821	11.468	14.596	21.822
2	3.039	-0.2296	1.24	7.2506	0.6601	4.0933	-0.049	0.1075	0.2151	-0.2792	-0.2975	-0.2821	-0.6582	-0.1086	0.3465	0.0004	0.3302	-0.0638	-0.3569	0.0221	-0.248	20.503	31.234	3.326
3	6.805	0.9127	-0.3743	5.9631	-1.7977	3.5755	0.3343	-0.6279	-1.3149	0.0393	-0.5942	0.6329	0.7747	-0.5856	0.26	-0.0278	-0.0836	0.0502	0.0367	0.0579	0.0293	15.498	-4.661	14.323
4	5.8935	-1.3139	0.0537	6.0386	2.8071	4.4873	0.3176	0.5907	0.0933	-0.1526	0.0232	-0.5505	0.2752	0.4411	-0.3409	-0.1376	0.3015	0.0098	-0.3006	0.1033	-0.2254	38.708	-2.509	1.75

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	14 - 100	34 - 120
2	2	A	A	101 - 276	121 - 296
3	3	B	B	14 - 100	34 - 120
4	4	B	B	101 - 276	121 - 296

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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