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- PDB-2h1p: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF A POLYSACCHARIDE BINDING ANTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1p
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF A POLYSACCHARIDE BINDING ANTIBODY TO CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS AND ITS COMPLEX WITH A PEPTIDE FROM A PHAGE DISPLAY LIBRARY: IMPLICATIONS FOR THE IDENTIFICATION OF PEPTIDE MIMOTOPES
要素
  • (2H1) x 2
  • PA1
キーワードCOMPLEX (ANTIBODY/PEPTIDE) / ANTIBODY STRUCTURE / CRYPTOCOCCUS / PHAGE LIBRARY / POLYSACCHARIDE / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE) / COMPLEX (ANTIBODY-PEPTIDE) complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Young, A.C.M. / Valadon, P. / Casadevall, A. / Scharff, M.D. / Sacchettini, J.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The three-dimensional structures of a polysaccharide binding antibody to Cryptococcus neoformans and its complex with a peptide from a phage display library: implications for the ...タイトル: The three-dimensional structures of a polysaccharide binding antibody to Cryptococcus neoformans and its complex with a peptide from a phage display library: implications for the identification of peptide mimotopes.
著者: Young, A.C. / Valadon, P. / Casadevall, A. / Scharff, M.D. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Peptide Libraries Define the Fine Specificity of Anti-Polysaccharide Antibodies to Cryptococcus Neoformans
著者: Valadon, P. / Nussbaum, G. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H. / Scharff, M.D.
履歴
登録1997年11月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 2H1
H: 2H1
P: PA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1653
ポリマ－49,1653
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.790, 51.250, 60.180
Angle α, β, γ (deg.)91.82, 98.57, 107.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 2H1


分子量: 24125.727 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB PART ISOLATED AFTER PAPAIN DIGESTION OF THE PARENT IGG1/K MOLECULE
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 2H1 BALB/C-NSO HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: PIR: S16112
#2: 抗体 2H1


分子量: 23687.664 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然
詳細: FAB PART ISOLATED AFTER PAPAIN DIGESTION OF THE PARENT IGG1/K MOLECULE
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 2H1 BALB/C-NSO HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: PIR: S38864
#3: タンパク質・ペプチド PA1


分子量: 1351.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG 8K, PH 8.5, 1% GLYCEROL
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 %PEG80001reservoir
20.1 MTris1reservoir
31 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: CU K ALPHA / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 19345 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 79
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLR (FAB 4-4-20)

1flr


解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.186 --
all-19345 -
obs-11416 90 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 0 62 3509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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