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万見
- PDB-2h13: Crystal structure of WDR5/histone H3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h13
タイトルCrystal structure of WDR5/histone H3 complex
要素
  • WD-repeat protein 5
  • histone H3 lys-4 dimethylated
キーワードTRANSCRIPTION / histone / beta-propeller / WD40-repeat / MLL
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / Neddylation / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...WDR5 beta-propeller domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Couture, J.F. / Collazo, E. / Trievel, R.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular recognition of histone H3 by the WD40 protein WDR5.
著者: Couture, J.F. / Collazo, E. / Trievel, R.C.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD-repeat protein 5
B: histone H3 lys-4 dimethylated


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8852
ポリマ－35,8852
非ポリマー00
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.680, 98.860, 80.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The protein is a monomer in solution and there is one molecule in the AU.

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要素

#1: タンパク質 WD-repeat protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34707.367 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 22-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド histone H3 lys-4 dimethylated


分子量: 1177.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized. Occurs naturally in homo sapiens (Humans)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-30% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.05 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9775 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月30日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→28.75 Å / Num. all: 43478 / Num. obs: 42966 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.58→1.63 Å / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→28.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.232 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19973 2149 5 %RANDOM
Rwork0.16603 ---
all0.177 42883 --
obs0.16769 40734 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→28.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 0 536 2907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.9373296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3855306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.29425.10694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66915409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.562154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21671
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44822470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56631013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8064.5826
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.619 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 152 -
Rwork0.275 2759 -
obs--92.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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