PDB-2h05: Br Derivitation of A-DNA Octamer GTG(Ubr)ACAC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h05

タイトル

Br Derivitation of A-DNA Octamer GTG(Ubr)ACAC

要素

5'-D(*GP*TP*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

キーワード

DNA / Br-DNA / Se-DNA / Se-Br-DNA

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jiang, J. / Sheng, J. / Huang, Z.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Selenium derivatization of nucleic acids for crystallography.
著者: Jiang, J. / Sheng, J. / Carrasco, N. / Huang, Z.

履歴

登録	2006年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h05.cif.gz	14.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h05.ent.gz	8.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h05_validation.pdf.gz	375.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h05_full_validation.pdf.gz	375.7 KB	表示
XML形式データ	2h05_validation.xml.gz	3 KB	表示
CIF形式データ	2h05_validation.cif.gz	3.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z7iSC 2dljC 2gpxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	295d-1 5hnq-6 2gbh-d 281d-d 4f4n-d 1rxb-d 1vt7-d 1d92-d 1vj4-d 2gpm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*TP*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

2.49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*GP*TP*GP*(BRU)P*AP*CP*AP*C)-3'

登録者が定義した集合体
4.98 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.048, 42.048, 24.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(GPTPGP(BRU)PAPCPAPC)-3' 分子量: 2491.487 Da / 分子数: 1 / 変異: 5-BROMO-Modified T4, BRU / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase Synthesis via Phosphoramidite Chemistry
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.66 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8mM MgCl2, 4mM Spermine, 40% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MgCl2	1	1
2	Spermine	1	1
3	MPD	1	1
4	H2O	1	1
5	MgCl2	1	2
6	Spermine	1	2
7	MPD	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.9199, 0.9202, 0.9400, 1.100

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9199	1
2	0.9202	1
3	0.94	1
4	1.1	1

反射

解像度: 1.8→18.81 Å / Num. all: 2248 / Num. obs: 2248 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 203 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

単波長異常分散
開始モデル: pdb entry 1Z7I

1z7i

解像度: 1.8→18.81 Å / R_factor R_free error: 0.018 / Data cutoff high absF: 532897.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: DNA-RNA

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	188	9.2 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
all	0.22	2036	-	-
obs	0.213	2036	91.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 41.4104 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.41 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.28 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.2 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	161	0	33	194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	28.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	2.16

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / R_factor R_free error: 0.078 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	28	10.2 %
R_work	0.273	247	-
obs	-	247	75.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	dna-rna_ums.par	ion.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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