ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 単波長異常分散 開始モデル: pdb entry 1Z7I 解像度: 1.8→18.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 532897.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: DNA-RNA
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.248 | 188 | 9.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.213 | - | - | - |
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all | 0.22 | 2036 | - | - |
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obs | 0.213 | 2036 | 91.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.4104 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.2 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.2 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.41 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.28 Å | 0.23 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.2 Å | 0.2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.81 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 161 | 0 | 33 | 194 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d28.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.16 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.078 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.413 | 28 | 10.2 % |
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Rwork | 0.273 | 247 | - |
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obs | - | 247 | 75.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramdna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | dna-rna_ums.par | ion.top | | | | | |
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