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万見
- PDB-2h01: PY00414- Plasmodium yoelii thioredoxin peroxidase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h01
タイトルPY00414- Plasmodium yoelii thioredoxin peroxidase I
要素2-CYS PEROXIREDOXIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / SGC / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin peroxidase 1 / 2-Cys peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. ...Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PY00414 - a Plasmodium yoelii thioredoxin peroxidase I
著者: Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R.
履歴
登録2006年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2006年5月30日ID: 2FEG
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-CYS PEROXIREDOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3701
ポリマ－21,3701
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.076, 105.076, 41.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422

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要素

#1: タンパク質 2-CYS PEROXIREDOXIN / E.C.1.11.1.-


分子量: 21370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86SB2, UniProt: Q7RSE5*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 100 HEPES, PH 6.8, 200 MM NAAC, 20 MM NABR, 5% ETHYLENE GLYCOL, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 10337 / Num. obs: 10337 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZOF

1zof


解像度: 2.3→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 542 random
Rwork0.258 --
all0.264 10337 -
obs0.258 10337 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1368 0 0 54 1422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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