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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h01 | |||||||||
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タイトル | PY00414- Plasmodium yoelii thioredoxin peroxidase I | |||||||||
要素 | 2-CYS PEROXIREDOXIN | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE / STRUCTURAL GENOMICS / SGC / Structural Genomics Consortium | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxiredoxin / cellular response to stress / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. ...Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of PY00414 - a Plasmodium yoelii thioredoxin peroxidase I 著者: Artz, J. / Qiu, W. / Min, J.R. / Dong, A. / Lew, J. / Melone, M. / Alam, Z. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Hui, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h01.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h01.ent.gz | 33.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h01_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h01_full_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h01_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h01_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h01 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1zofS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86SB2, UniProt: Q7RSE5*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 100 HEPES, PH 6.8, 200 MM NAAC, 20 MM NABR, 5% ETHYLENE GLYCOL, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 10337 / Num. obs: 10337 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 91.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ZOF 解像度: 2.3→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
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