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- PDB-2gwf: Structure of a USP8-NRDP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwf
タイトルStructure of a USP8-NRDP1 complex
要素
  • RING finger protein 41
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードHYDROLASE/LIGASE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / E3 LIGASE / PROTEIN UBIQUITINATION / HYDROLASE / PROTEASE / UBL CONJUGATION PATHWAY / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / HYDROLASE-LIGASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte differentiation / interleukin-3 receptor binding / erythropoietin receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / endoplasmic reticulum tubular network / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / protein K63-linked deubiquitination ...regulation of lymphocyte differentiation / interleukin-3 receptor binding / erythropoietin receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / endoplasmic reticulum tubular network / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of lysosomal protein catabolic process / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of mitophagy / regulation of reactive oxygen species metabolic process / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / extrinsic component of plasma membrane / protein deubiquitination / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of MAPK cascade / mitotic cytokinesis / proteasomal protein catabolic process / protein autoubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / negative regulation of cell migration / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to nerve growth factor stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / Negative regulation of MET activity / receptor tyrosine kinase binding / small GTPase binding / autophagy / SH3 domain binding / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of protein localization / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / midbody / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ras protein signal transduction / dendritic spine / postsynaptic density / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / cadherin binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase NRDP1 / NRDP1, C-terminal / USP8 interacting / : / USP8 WW domain / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...E3 ubiquitin-protein ligase NRDP1 / NRDP1, C-terminal / USP8 interacting / : / USP8 WW domain / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / E3 ubiquitin-protein ligase NRDP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Amino-terminal Dimerization, NRDP1-Rhodanese Interaction, and Inhibited Catalytic Domain Conformation of the Ubiquitin-specific Protease 8 (USP8).
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Newman, E.M. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: RING finger protein 41
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
D: RING finger protein 41
E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
F: RING finger protein 41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2936
ポリマ－98,2936
非ポリマー00
水3,927218
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: RING finger protein 41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7642
ポリマ－32,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
D: RING finger protein 41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7642
ポリマ－32,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
F: RING finger protein 41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7642
ポリマ－32,7642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.111, 67.094, 99.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific processing protease 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / hUBPy


分子量: 17783.152 Da / 分子数: 3 / 断片: Rhodanase domain, residues 181-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40818, EC: 3.1.2.15
#2: タンパク質 RING finger protein 41


分子量: 14981.053 Da / 分子数: 3 / 断片: USP8 interaction domain, residues 193-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF41 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9H4P4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG5000 MME, 0.1 M bis-Tris, 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 41906 / Num. obs: 41906 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 21.98
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 4352 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.467 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23704 2093 5 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
obs0.20767 39572 93.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7 Å20 Å2-1.11 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6170 0 0 218 6388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.9528551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5935770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88824.599287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.209151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1591539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.22771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2880.24305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.74634009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20146259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43952703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.23472292
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 162 -
Rwork0.223 2995 -
obs--96.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.50637.5327-2.221227.7615-1.64084.7076-0.0823-0.09930.36450.37690.38141.2147-0.8022-0.9559-0.29910.01880.1225-0.03430.18550.0110.0898-24.172125.571285.7964
210.695-4.0748-0.82411.85281.272337.236-0.30130.48130.4555-0.38780.5970.6386-2.5944-0.6849-0.29570.29750.0282-0.1272-0.0359-0.0280.0616-20.302333.745791.0782
35.69940.4929-1.30063.8428-1.11356.6829-0.00360.1454-0.2063-0.2345-0.043-0.27150.04680.39940.04670.0820.01270.00030.0907-0.00480.0915-8.016819.463685.0331
41.497-2.04452.71484.4786-0.530110.91130.23160.1983-0.20810.22090.3798-0.05851.08880.7166-0.61150.1522-0.0133-0.07170.00460.050.1448-7.70938.968196.1571
55.7455-1.0771-0.05353.63360.04995.8751-0.0567-0.27440.03380.13380.0343-0.08740.03710.13820.02230.1290.0086-0.00110.07340.00720.0752-3.632419.455397.8278
61.55241.45810.52952.2475-0.50412.31990.06060.0066-0.2007-0.1192-0.04440.19050.1061-0.449-0.01630.08880.0117-0.00980.0867-0.02820.1175-18.058715.101890.1308
71.8485-0.3577-0.19113.773-0.57975.3329-0.041-0.2364-0.13310.51920.12360.2685-0.1777-0.3667-0.08260.08270.02810.04080.08160.01710.1133-17.769315.566596.9625
811.43362.29424.21647.0341-1.561711.7638-0.25470.75580.1033-0.48250.0315-0.1258-0.3920.04670.22320.13880.0706-0.05160.0636-0.00770.0335-15.651425.463176.4458
916.4027-8.77563.907110.1598-3.24645.55880.12590.66010.3041-0.1107-0.6975-1.29290.19310.8340.5716-0.0448-0.02270.03940.10720.10510.20426.857217.473891.7105
104.74953.0982-3.697615.6673-8.0678.0162-0.07630.29650.0427-0.2830.42450.46530.0466-0.2674-0.34820.09650.0002-0.00110.1175-0.00150.10146.769920.352594.1176
1111.39011.74741.4993.1710.52073.452-0.00940.2144-0.5705-0.0450.0547-0.16870.40680.347-0.04540.10640.03520.01940.01270.05350.135118.27957.24795.9897
126.49350.0894-2.23126.1131-0.78476.108-0.0442-0.324-0.24960.7010.0047-0.16060.19980.23920.03940.0876-0.0093-0.05940.10570.03240.070412.887217.4169104.5819
134.89170.28062.25886.7873-0.37883.9911-0.0335-0.11150.47380.0799-0.0497-0.0606-0.5492-0.16180.08310.16060.0085-0.03840.0129-0.03930.09098.730130.688199.4902
143.51981.19680.648412.19874.16153.4212-0.18690.2841-0.2561-0.44180.0959-0.33580.00330.40590.091-0.02540.01190.00530.13010.04240.140519.435719.666790.9954
154.0315-0.4676-0.25823.8315-0.59372.71380.083-0.25560.11870.17360.0859-0.5394-0.11280.6842-0.16890.0484-0.02320.01650.14980.01730.123121.079822.957297.5178
165.3015-0.0221.68453.16121.54464.040.06640.00480.13730.099-0.1524-0.17790.05410.35560.0860.10290.01220.02720.10610.04570.165315.718821.288695.2842
174.17141.2801-3.186315.02358.01267.95830.08450.2659-0.6561-0.17240.17050.21460.89330.0821-0.2550.1238-0.0017-0.0280.1022-0.07290.0943-18.3284-6.500251.5905
180.8176-1.66234.79463.8091-8.134534.18980.24330.5955-0.69030.23190.5150.97652.0767-1.0594-0.75840.2017-0.20710.06990.162-0.14490.1829-27.6421-7.105656.8156
194.1394-0.321-1.018510.27-6.24411.3386-0.11640.240.4571-0.1860.098-0.24-0.4216-0.35120.01840.06280.01020.01230.141-0.06920.0766-22.051211.770851.7725
204.22390.48931.57787.17324.57515.46240.01880.0847-0.0078-0.4786-0.0668-0.0268-0.3068-0.17520.0480.0820.02360.00370.1858-0.01030.085-22.918110.825253.2301
216.4772-1.5958-0.09564.11562.0823.6022-0.1010.08980.14150.15520.2971-0.1112-0.0470.1133-0.19610.02670.00270.01090.1315-0.05510.0801-21.003414.936264.5465
222.7230.7851-0.29672.64610.87994.0359-0.01310.2106-0.10560.09270.305-0.34660.20630.1871-0.2920.00910.0437-0.00580.1238-0.09210.1466-14.03135.134258.6821
232.44330.7881.59972.5212.97689.4155-0.0213-0.0541-0.08750.24220.2562-0.39280.14880.4336-0.23490.03330.0273-0.00410.0616-0.07310.1227-15.68442.674259.928
2418.8934-1.4371.756317.83769.96899.3668-0.12450.3429-0.4438-0.0508-0.15990.4069-0.3835-0.23350.28440.0445-0.0380.00610.1289-0.04910.002-25.19680.121442.9523
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370.31552.68151.195122.793910.15844.5272-0.1209-0.36460.6216-0.05350.6311-0.7121-1.54080.8284-0.51020.3855-0.09750.18110.0956-0.01330.01797.182253.942877.8143
383.66392.263.22213.2313-1.010412.66660.26160.35020.4209-0.51110.2052-0.4179-0.98590.1078-0.46680.24050.00670.11420.01540.02540.07345.738248.939168.7669
393.737-1.99291.11496.6211-1.26210.04150.48290.60770.313-0.9273-0.09170.1267-0.99950.2045-0.39120.1620.04670.0754-0.03770.06710.0158-0.05547.691167.8073
403.5509-1.3305-0.33813.08-1.0717.8877-0.2284-0.4284-0.78990.29890.2472-0.3432-0.329-0.4043-0.01890.10340.08560.12340.03420.03140.1046-5.976840.60289.0471
4120.825-13.1713-13.139112.32038.445417.9031-0.50460.2682-1.33910.1468-0.01340.3651.03040.41210.5180.04570.01040.01090.0734-0.00340.130720.76845.982770.7194
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449.11410.0742-0.09434.7437-3.75526.4451-0.00750.66750.0375-0.1638-0.039-0.25780.02880.29730.04660.05520.01080.05520.1518-0.0290.110113.798719.667859.272
456.83193.7578-0.400110.1846-4.12598.44780.04390.15220.0946-0.32070.00660.40370.1567-0.5012-0.0505-0.0085-0.0059-0.0110.1286-0.05590.1079-0.026318.904963.6165
4612.15860.90494.22816.9047-2.03716.85340.2325-0.4946-0.1650.3993-0.05590.06650.0169-0.5033-0.17660.0320.01720.09070.10710.01260.096710.315911.229671.5598
473.8965-0.62991.20541.58310.97375.6170.05910.252-0.5094-0.1680.11240.04070.34080.0942-0.17150.07310.01450.0570.11850.02460.183211.968810.485266.4164
485.5577-1.6752-0.0913.72510.76793.690.05120.0897-0.29850.1410.04110.02750.1058-0.1559-0.09230.0485-0.02390.02110.17890.01920.209312.126215.977769.887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA180 - 19219 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2AA193 - 19932 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3AA200 - 22339 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4AA224 - 23363 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5AA234 - 24973 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6AA250 - 27489 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7AA275 - 301114 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8AA302 - 315141 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9BB197 - 21114 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10BB212 - 22229 - 39
11X-RAY DIFFRACTION11BB223 - 24440 - 61
12X-RAY DIFFRACTION12BB245 - 26062 - 77
13X-RAY DIFFRACTION13BB261 - 27478 - 91
14X-RAY DIFFRACTION14BB275 - 28292 - 99
15X-RAY DIFFRACTION15BB283 - 298100 - 115
16X-RAY DIFFRACTION16BB299 - 317116 - 134
17X-RAY DIFFRACTION17CC180 - 19019 - 29
18X-RAY DIFFRACTION18CC191 - 19930 - 38
19X-RAY DIFFRACTION19CC200 - 21139 - 50
20X-RAY DIFFRACTION20CC212 - 22651 - 65
21X-RAY DIFFRACTION21CC227 - 24766 - 86
22X-RAY DIFFRACTION22CC248 - 28287 - 121
23X-RAY DIFFRACTION23CC283 - 304122 - 143
24X-RAY DIFFRACTION24CC305 - 313144 - 152
25X-RAY DIFFRACTION25DD192 - 1989 - 15
26X-RAY DIFFRACTION26DD199 - 21116 - 28
27X-RAY DIFFRACTION27DD212 - 22229 - 39
28X-RAY DIFFRACTION28DD223 - 24440 - 61
29X-RAY DIFFRACTION29DD245 - 25762 - 74
30X-RAY DIFFRACTION30DD258 - 27175 - 88
31X-RAY DIFFRACTION31DD272 - 29589 - 112
32X-RAY DIFFRACTION32DD296 - 317113 - 134
33X-RAY DIFFRACTION33EE180 - 19019 - 29
34X-RAY DIFFRACTION34EE191 - 19630 - 35
35X-RAY DIFFRACTION35EE197 - 22636 - 65
36X-RAY DIFFRACTION36EE227 - 26166 - 100
37X-RAY DIFFRACTION37EE262 - 272101 - 111
38X-RAY DIFFRACTION38EE273 - 282112 - 121
39X-RAY DIFFRACTION39EE283 - 301122 - 140
40X-RAY DIFFRACTION40EE302 - 316141 - 155
41X-RAY DIFFRACTION41FF196 - 21013 - 27
42X-RAY DIFFRACTION42FF211 - 22328 - 40
43X-RAY DIFFRACTION43FF224 - 24441 - 61
44X-RAY DIFFRACTION44FF245 - 25862 - 75
45X-RAY DIFFRACTION45FF259 - 27276 - 89
46X-RAY DIFFRACTION46FF273 - 28090 - 97
47X-RAY DIFFRACTION47FF281 - 30098 - 117
48X-RAY DIFFRACTION48FF301 - 317118 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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