PDB-2gw2: Crystal structure of the peptidyl-prolyl isomerase domain of huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gw2

タイトル

Crystal structure of the peptidyl-prolyl isomerase domain of human cyclophilin G

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G

キーワード

ISOMERASE / mutation / surface mutagenesis / mutant / ppiase / cis-trans isomerization / peptidyl-prolyl isomerase / protein folding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nuclear matrix / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein folding / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bernstein, G. / Tempel, W. / Davis, T. / Newman, E.M. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the human cyclophilin family of peptidyl-prolyl isomerases.
著者: Davis, T.L. / Walker, J.R. / Campagna-Slater, V. / Finerty, P.J. / Paramanathan, R. / Bernstein, G. / MacKenzie, F. / Tempel, W. / Ouyang, H. / Lee, W.H. / Eisenmesser, E.Z. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gw2.cif.gz	51.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gw2.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gw2_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gw2_full_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示
XML形式データ	2gw2_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	2gw2_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zkcC 2eslC 2he9C 2hq6C 2r99C 1a58S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2poy-1 1nmk-1 6vsx-d 2he9-2 6gji-d 6gjp-d 3zq3-4 3zq3-1 4dgb-d 4n1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.432, 65.504, 69.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

not known

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase G / Peptidyl-prolyl isomerase G / PPIase G / Rotamase G / Cyclophilin G / Clk-associating RS- ...Peptidyl-prolyl isomerase G / PPIase G / Rotamase G / Cyclophilin G / Clk-associating RS-cyclophilin / CARS-cyclophilin / CARS-Cyp / SR-cyclophilin / SRcyp / SR-cyp / CASP10 分子量: 21842.746 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-179 / 変異: K106A, E107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIG / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus RIL / 参照: UniProt: Q13427, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 14841 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.148 / Χ²: 1.66 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
1.8-1.86	56.4	2.2	0.63	908	0.854
1.86-1.94	71.8	2.7	0.514	1144	0.996
1.94-2.03	90.6	3.5	0.44	1478	1.063
2.03-2.13	97.1	4.3	0.388	1578	1.235
2.13-2.27	97.7	4.3	0.267	1584	1.6
2.27-2.44	98.5	4.3	0.297	1616	1.497
2.44-2.69	98.4	4.4	0.215	1620	1.528
2.69-3.08	98.4	4.4	0.154	1622	1.807
3.08-3.88	96.7	4.4	0.098	1624	2.549
3.88-30	92.9	4.4	0.07	1667	2.153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1A58

1a58

解像度: 1.8→29.617 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 4.199 / SU ML: 0.129 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.172
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/WARP, Molprobity were also used for the refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2793	728	4.985 %	Random
R_work	0.2168	-	-	-
all	0.22	-	-	-
obs	-	14604	89.136 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.093 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.175 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.917 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1342	0	4	103	1449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.941	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.981	3	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.468	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.55	24.242	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.443	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.908	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.836	2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.928	2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.264	3	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.939	2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.592	3	470

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.418	39	0.373	606	0.376	1159	55.651
1.847-1.897	0.48	34	0.378	708	0.383	1156	64.187
1.897-1.952	0.36	34	0.302	855	0.304	1122	79.234
1.952-2.012	0.288	58	0.244	938	0.247	1090	91.376
2.012-2.077	0.247	50	0.213	996	0.214	1081	96.762
2.077-2.15	0.262	49	0.209	936	0.212	1012	97.332
2.15-2.23	0.285	47	0.267	876	0.268	1013	91.116
2.23-2.321	0.426	51	0.315	813	0.321	971	88.98
2.321-2.424	0.254	53	0.193	834	0.196	906	97.903
2.424-2.541	0.28	46	0.195	828	0.199	888	98.423
2.541-2.677	0.306	38	0.205	805	0.209	854	98.712
2.677-2.838	0.247	39	0.191	749	0.194	797	98.871
2.838-3.032	0.265	34	0.21	708	0.213	755	98.278
3.032-3.272	0.314	29	0.192	664	0.198	708	97.881
3.272-3.58	0.192	31	0.183	603	0.184	654	96.942
3.58-3.996	0.213	33	0.204	517	0.205	599	91.82
3.996-4.6	0.267	22	0.156	493	0.16	542	95.018
4.6-5.6	0.27	19	0.188	411	0.191	459	93.682
5.6-7.782	0.293	13	0.232	339	0.234	381	92.388
7.782-29.617	0.263	9	0.21	197	0.212	237	86.92

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