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万見
- PDB-2gut: Solution structure of the trans-activation domain of the human co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gut
タイトルSolution structure of the trans-activation domain of the human co-activator ARC105
要素ARC/MEDIATOR, Positive cofactor 2 glutamine/Q-rich-associated protein
キーワードTRANSCRIPTION / KIX / 3 HELICAL BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


core mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation ...core mediator complex / Generic Transcription Pathway / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / PPARA activates gene expression / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / : / : / ARC105/Med15 mediator subunit N-terminal KIX domain / ARC105/Med15 mediator subunit central domain / ARC105/Med15 mediator subunit C-terminal domain / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing using CYANA
データ登録者Vought, B.W. / Jim Sun, Z.-Y. / Hyberts, S.G. / Wagner, G. / Naar, A.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: An ARC/Mediator subunit required for SREBP control of cholesterol and lipid homeostasis.
著者: Yang, F. / Vought, B.W. / Satterlee, J.S. / Walker, A.K. / Jim Sun, Z.-Y. / Watts, J.L. / Debeaumont, R. / Mako Saito, R. / Hyberts, S.G. / Yang, S. / Macol, C. / Iyer, L. / Tjian, R. / van ...著者: Yang, F. / Vought, B.W. / Satterlee, J.S. / Walker, A.K. / Jim Sun, Z.-Y. / Watts, J.L. / Debeaumont, R. / Mako Saito, R. / Hyberts, S.G. / Yang, S. / Macol, C. / Iyer, L. / Tjian, R. / van den Heuvel, S. / Hart, A.C. / Wagner, G. / Naar, A.M.
履歴
登録2006年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARC/MEDIATOR, Positive cofactor 2 glutamine/Q-rich-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7911
ポリマ－8,7911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20lowest NOE target function with no NOE violations > 0.5 A, and angular violations > 5 deg
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ARC/MEDIATOR, Positive cofactor 2 glutamine/Q-rich-associated protein / PC2 glutamine/Q-rich-associated protein / TPA-inducible gene 1 protein / TIG-1 / Activator- ...PC2 glutamine/Q-rich-associated protein / TPA-inducible gene 1 protein / TIG-1 / Activator-recruited cofactor 105 kDa component / ARC105 / CTG repeat protein 7a


分子量: 8791.069 Da / 分子数: 1 / 断片: ARC/MEDIATOR KIX domain, residues 5-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCQAP, ARC105, CTG7A, TIG1 / プラスミド: pET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RN5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HN(CA)CB
141HN(CO)CACB
151HNCO
161HN(CA)CO
171HN(COCA)NH
181N15noesy
191TOCSY
1101C(CO)NH
1111H(CCO)NH
1121aliphatic
1131aromatic-C13noesy
1141HCCHTOCSY

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試料調製

詳細内容: 1mM arc105 U-15N, 13C, 30mM NaCl, 10mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 30 mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PROSA3.7GUNTERT解析
CARA1.5KELLERデータ解析
CYANA2.1GUNTERT構造決定
CYANA2.1GUNTERT精密化
精密化手法: simulated annealing using CYANA / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest NOE target function with no NOE violations > 0.5 A, and angular violations > 5 deg
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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