PDB-3rms: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Sacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rms

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis

要素

uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / zinc binding

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomonospora viridis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.133 Å

データ登録者

Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Svir_20580 from Saccharomonospora viridis
著者: Michalska, K. / Weger, A. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rms.cif.gz	146.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rms.ent.gz	116.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rmqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xqp-1 5mpk-1 2wb6-d 1z3p-d 1k5a-d 1dza-2 1un5-d 3soj-1 1z9z-5 4a9k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC102150

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

C: uncharacterized protein

ヘテロ分子

39.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.630, 60.968, 73.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 13022.452 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア) 株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_20580 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21, pRK1037 / 参照: UniProt: C7MVX3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES, 10% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 21748 / Num. obs: 21709 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_610)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3RMQ

3rmq

解像度: 2.133→33.441 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogen atoms have been added at ridding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2046	1107	5.1 %	random
R_work	0.1767	-	-	-
all	0.1781	21687	-	-
obs	0.1781	21687	99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.446 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	2.6989 Å²
2-	-	7.544 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.951 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.133→33.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2580	0	39	67	2686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.295	954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	465

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.1325-2.2296	0.2817	118	0.2468	2414	2414	93
2.2296-2.3471	0.2662	140	0.2275	2586	2586	100
2.3471-2.4941	0.2556	138	0.2	2566	2566	100
2.4941-2.6866	0.1952	149	0.1902	2546	2546	100
2.6866-2.9568	0.2585	153	0.1835	2605	2605	100
2.9568-3.3843	0.2003	140	0.1686	2612	2612	100
3.3843-4.2625	0.1843	133	0.1539	2595	2595	100
4.2625-33.445	0.1742	136	0.1678	2656	2656	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8672	-2.7013	0.9752	2.0314	-1.1418	3.8451	0.0836	0.133	0.4608	0.0673	-0.0317	-0.3012	-0.3692	-0.1589	0.2439	0.2686	0.0211	0.0462	0.2211	0.018	0.214	-22.9698	12.9048	-26.5224
2	8.7174	1.2677	-1.4445	2.251	-1.5736	2.14	0.1061	1.2487	0.5101	0.0011	0.4158	0.7184	-0.239	-1.0098	-0.2379	0.2913	0.0653	0.0075	0.4069	0.1727	0.4274	-29.2137	12.329	-31.1447
3	7.7909	2.5143	-2.49	3.9752	-3.3564	2.8941	-0.1039	0.3269	-0.0525	0.0687	0.0464	0.2388	-0.0227	-0.2939	-0.0284	0.211	0.0004	-0.0017	0.2349	0.0005	0.202	-29.6272	1.8563	-23.4348
4	6.5528	-2.2125	1.3443	3.4422	-1.5331	4.6477	-0.2906	0.0991	0.545	0.0302	0.3014	-0.764	0.1884	1.2767	-0.0661	0.2625	0.0147	0.008	0.5247	-0.0564	0.4166	-8.5876	9.8958	-30.3168
5	4.7242	-0.6527	-1.9534	5.5151	-2.3805	6.8802	-0.4227	0.2374	-0.4211	-0.4716	0.7258	0.719	0.5531	-0.3698	-0.0095	0.3968	-0.0453	0.0452	0.36	0.0128	0.2958	-12.9014	5.7304	-39.1947
6	2.2343	-2.2729	-0.1418	2.5423	-0.2892	1.7885	-0.357	0.0735	-0.1017	-0.508	0.4807	-0.5483	-0.1704	0.199	-0.0831	0.3433	0.0021	0.1124	0.464	-0.0257	0.3986	-6.5439	6.4318	-43.3828
7	3.6506	-1.5294	2.9774	5.9147	-1.6529	3.7816	0.0282	-0.2774	-0.0238	0.3796	0.0864	-0.0767	0.0423	-0.2121	0.042	0.2475	0.0045	0.0307	0.2137	0.0338	0.2185	-6.6533	3.7985	-8.0713
8	8.4556	-1.6816	-0.5616	4.2852	0.7512	0.1409	0.1183	-0.6812	-0.463	0.7864	-0.1931	0.5551	0.4269	-1.7292	0.0931	0.575	-0.1088	0.1098	0.6937	0.0314	0.319	-16.347	2.2003	-3.9118
9	2.9948	0.3554	3.075	2.5946	1.1066	6.6843	-0.0733	-0.3764	0.3121	0.0396	-0.0244	0.2974	-0.3809	-0.6791	0.075	0.2243	0.0304	0.009	0.2875	0.0137	0.1755	-13.7372	8.6437	-12.3891
10	5.111	1.5805	-0.0217	3.8694	0.5249	3.5051	0.0939	0.1568	-0.7407	0.0381	-0.0208	-1.1089	-0.0486	0.708	0.0969	0.2568	-0.0068	-0.0593	0.3981	-0.008	0.5409	5.544	9.2594	-7.1737
11	3.6826	2.6646	-0.7603	6.8772	1.3052	3.962	-0.0941	0.1559	0.5165	-0.7082	0.1265	-0.7814	-0.6374	0.0941	0.1239	0.4484	-0.0456	-0.0201	0.2989	-0.0931	0.4206	2.81	18.7464	-8.5202
12	2.9052	1.3458	-0.6308	1.2828	1.2143	3.5778	0.4938	-0.3512	-0.1558	0.9646	-0.084	-0.7795	-0.159	0.3711	1.0983	0.686	-0.0862	-0.2502	0.2891	-0.1023	0.6204	5.9908	21.0385	-2.0701
13	4.0596	2.7551	2.6829	8.4475	1.171	1.8376	0.2467	1.6477	-0.4962	-0.7103	0.1487	-1.2437	-0.056	0.3268	0.6309	0.3742	0.1584	0.0961	0.7382	-0.0578	0.3776	-31.8935	-7.7989	-30.2669
14	4.6378	-0.6421	-1.3025	2.8247	0.4444	0.9975	0.095	0.3858	-0.0882	-0.0034	-0.0859	-0.0588	0.0489	-0.1886	0.0742	0.2393	0.0071	-0.0214	0.2792	-0.0292	0.2262	-38.9469	-7.9234	-22.782
15	3.6334	-1.5642	-1.4517	4.658	0.8482	1.2492	-0.2199	0.6058	-0.8034	0.3009	-0.1442	1.0761	0.1378	-0.392	0.1204	0.2684	-0.0217	0.0259	0.2802	-0.0874	0.4181	-45.2232	-9.7703	-19.6797
16	3.739	-2.3185	-0.6582	3.1108	0.4	2.1301	0.0447	-0.1098	-0.0154	-0.2468	0.0429	-0.0388	0.024	0.1899	-0.0275	0.2234	-0.0095	0.0222	0.2386	-0.0259	0.2311	-32.6598	-4.9198	-18.4628
17	3.7915	0.9094	0.5257	5.6175	-0.3024	5.5229	-0.1519	-0.2203	0.3917	0.8789	-0.0993	-0.3385	-0.2562	0.5315	-0.0005	0.3776	0.0437	-0.0516	0.3934	0.0411	0.3321	-24.1635	-11.8121	-11.5934
18	3.1566	-0.0598	1.675	6.7498	0.7498	5.7449	0.2653	0.6227	-0.1202	0.5557	-0.24	-0.2151	1.2185	0.7725	-0.0909	0.3993	0.171	0.015	0.4285	0.0965	0.3262	-21.993	-19.1961	-12.03

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 23:39)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 40:54)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 55:77)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 78:95)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 96:110)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:19)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 20:27)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 28:54)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 55:74)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 75:92)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 93:110)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 2:4)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 5:22)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 23:43)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 44:70)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 71:92)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 93:109)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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