PDB-2guc: Crystal structure of a complex of griffithsin with mannose at 1.7...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2guc

タイトル

Crystal structure of a complex of griffithsin with mannose at 1.78 A resolution.

要素

griffithsin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / griffithsin / lectins / domain swapping / mannose binding / HIV / SARS

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Griffithsia (真核生物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Ziolkowska, N.E. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Domain-swapped structure of the potent antiviral protein griffithsin and its mode of carbohydrate binding.
著者: Ziolkowska, N.E. / O'keefe, B.R. / Mori, T. / Zhu, C. / Giomarelli, B. / Vojdani, F. / Palmer, K.E. / McMahon, J.B. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2006年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2guc.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2guc.ent.gz	51.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2guc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2guc_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2guc_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	2guc_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	2guc_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2guc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2guc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gtySC 2gudC 2gueC 2guxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nuo-d 2nu5-d 2gud-d 1v9y-d 4u13-d 5tfi-d 1s6c-d 2wwz-d 6uxo-4 1x8d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: griffithsin

B: griffithsin

ヘテロ分子

26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.770, 39.460, 57.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

griffithsin / GRFT

分子量: 12726.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Griffithsia (真核生物) / 属: Griffithsia / 発現宿主:

Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: P84801

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8M magnesium sulfate, 0.1M MES, 1:10 ratio of griffithsin monomers to mannose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 21739 / Num. obs: 21739 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 37.2
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / % possible all: 73.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GTY

2gty

解像度: 1.79→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.643 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1887	1108	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1507	-	-	-
all	0.1507	21739	-	-
obs	0.1507	21726	94.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0 Å²	-0.19 Å²
2-	-	0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1798	0	93	339	2230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	2	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.244	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.765	23.571	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.063	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.734	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.099	1.5	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.525	2	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.885	3	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.817	4.5	759
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.786→1.832 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	62	-
R_work	0.203	1330	-
obs	-	-	79.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3945	-0.0363	-0.1345	0.1649	0.1774	0.6073	-0.0107	-0.048	-0.0052	0.0324	0.014	-0.0199	0.0097	-0.0095	-0.0033	-0.0172	-0.0018	0.0066	-0.0126	0.0107	-0.0152	15.3361	30.3698	11.3519
2	0.19	-0.1082	0.0033	0.1601	0.0302	1.017	-0.0056	0.0275	-0.0054	-0.0141	-0.0183	-0.0102	-0.006	-0.001	0.0239	-0.0091	-0.0025	0.0023	-0.0157	0.0124	-0.0221	11.5825	22.2438	-6.4988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 121	1 - 121
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 121	1 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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