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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gub | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Metal Free D-Xylose Isomerase. | ||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TIM barrel / beta-alpha-barrel / metal-free / inactive enzyme / sugar interconversion | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Carrell, H.L. / Katz, A.K. / Glusker, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Locating active-site hydrogen atoms in D-xylose isomerase: Time-of-flight neutron diffraction. 著者: Katz, A.K. / Li, X. / Carrell, H.L. / Hanson, B.L. / Langan, P. / Coates, L. / Schoenborn, B.P. / Glusker, J.P. / Bunick, G.J. #1: ![]() タイトル: Structural studies of D-Xylose isomerase and metal binding. 著者: Carrell, H.L. / Katz, A.K. / Glusker, J.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | homo-tetramer consisting of subunits related by crystallographic 222 symmetry. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Purified enzyme obtained as gift from Clinton Corn Products, Clinton, Ia. 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: small tubes / pH: 8 詳細: Crystallization from solution containing metal free enzyme at 20 mg/ml, 0.8M AmSO4, 2mM Pipes. Crystallization occurred over 2 day period in sealed tubes., pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 279K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月15日 / 詳細: focussing nickel mirrors |
放射 | モノクロメーター: Focussed Ni Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→70.71 Å / Num. obs: 40569 / % possible obs: 0.83 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 86.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XIB without metal ions and solvent 解像度: 1.8→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.994 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→70.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
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