PDB-2gub: Crystal Structure of Metal Free D-Xylose Isomerase.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gub

タイトル

Crystal Structure of Metal Free D-Xylose Isomerase.

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel / beta-alpha-barrel / metal-free / inactive enzyme / sugar interconversion

機能・相同性

機能・相同性情報

xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rubiginosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Carrell, H.L. / Katz, A.K. / Glusker, J.P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Locating active-site hydrogen atoms in D-xylose isomerase: Time-of-flight neutron diffraction.
著者: Katz, A.K. / Li, X. / Carrell, H.L. / Hanson, B.L. / Langan, P. / Coates, L. / Schoenborn, B.P. / Glusker, J.P. / Bunick, G.J.

履歴

登録	2006年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gub.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gub.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gub_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gub_full_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示
XML形式データ	2gub_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	2gub_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2glkC 2gveC 1xibS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xis-1 6rnd-1 8xia-1 4hhl-1 1mnz-1 3gnx-1 9xia-1 4qe5-1 6rnf-1 3kbm-1 1xlh-1 1xlk-1 1xya-1 1xyl-1 4a8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylose isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.800, 99.500, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-485- HOH
2	1	A-660- HOH
3	1	A-712- HOH

詳細

homo-tetramer consisting of subunits related by crystallographic 222 symmetry.

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: Purified enzyme obtained as gift from Clinton Corn Products, Clinton, Ia. 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: small tubes / pH: 8 詳細: Crystallization from solution containing metal free enzyme at 20 mg/ml, 0.8M AmSO4, 2mM Pipes. Crystallization occurred over 2 day period in sealed tubes., pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 279K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 279 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月15日 / 詳細: focussing nickel mirrors
放射	モノクロメーター: Focussed Ni Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→70.71 Å / Num. obs: 40569 / % possible obs: 0.83 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DATCOL		データ削減
XDS		データスケーリング
XTALVIEW		精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1XIB without metal ions and solvent

1xib

解像度: 1.8→70.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19327	2121	5 %	RANDOM
R_work	0.15958	-	-	-
obs	0.16124	40237	93.79 %	-
all	-	40569	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→70.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3033	0	0	374	3407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	1.952	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.304	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.465	22.976	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.331	15	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.095	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.182	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.235	1.5	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.802	2	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.281	3	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.192	4.5	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.843 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	141	-
R_work	0.289	2578	-
obs	-	2578	82.39 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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