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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gtd | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Catalysis of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria | ||||||
要素 | Type III Pantothenate Kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Type III Pantothenate Kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, K. / Eyobo, Y. / Brand, A.L. / Martynowski, D. / Tomchick, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria. 著者: Yang, K. / Eyobo, Y. / Brand, L.A. / Martynowski, D. / Tomchick, D. / Strauss, E. / Zhang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gtd.cif.gz | 316.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gtd.ent.gz | 258.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gtd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27658.850 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) プラスミド: pProEX-HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9WZY5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG-3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97872, 0.97886 | |||||||||
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検出器 | 日付: 2005年12月14日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→31.56 Å / Num. obs: 95595 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 28.78 / Observed criterion σ(I): 5.59 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→31.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.188 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.507 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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