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万見
- PDB-2gtd: Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gtd
タイトルCrystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Catalysis of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria
要素Type III Pantothenate Kinase
キーワードTRANSFERASE / Type III Pantothenate Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III pantothenate kinase / Type III pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yang, K. / Eyobo, Y. / Brand, A.L. / Martynowski, D. / Tomchick, D.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria.
著者: Yang, K. / Eyobo, Y. / Brand, L.A. / Martynowski, D. / Tomchick, D. / Strauss, E. / Zhang, H.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III Pantothenate Kinase
B: Type III Pantothenate Kinase
C: Type III Pantothenate Kinase
D: Type III Pantothenate Kinase
E: Type III Pantothenate Kinase
F: Type III Pantothenate Kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,9536
ポリマ－165,9536
非ポリマー00
水24,2301345
1
A: Type III Pantothenate Kinase
B: Type III Pantothenate Kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3182
ポリマ－55,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
2
C: Type III Pantothenate Kinase
D: Type III Pantothenate Kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3182
ポリマ－55,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
3
E: Type III Pantothenate Kinase
F: Type III Pantothenate Kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3182
ポリマ－55,3182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19070 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area57590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.112, 137.788, 75.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the dimer.

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要素

#1: タンパク質
Type III Pantothenate Kinase


分子量: 27658.850 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: pProEX-HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9WZY5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG-3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97872, 0.97886
検出器日付: 2005年12月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
20.978861
反射解像度: 2→31.56 Å / Num. obs: 95595 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 28.78 / Observed criterion σ(I): 5.59
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→31.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4763 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.19 ---
obs0.188 95033 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11574 0 0 1345 12919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.95116008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79451482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69324.096498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.549152034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8971554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.25908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0041.57530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.742211898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86434858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6594.54110
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 311 -
Rwork0.21 6358 -
obs-6669 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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