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- PDB-2gsi: Crystal Structure of a Murine Fab in Complex with an 11 Residue P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsi
タイトルCrystal Structure of a Murine Fab in Complex with an 11 Residue Peptide Derived from Staphylococcal Nuclease
要素
  • Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
  • Immunoglobulin (kappa) light chain
  • Thermonuclease
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / IGG / STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / : / Immunoglobulin V-Type ...Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermonuclease / Igh protein / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Armstrong, A.A. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Murine Fab in Complex with an 11 Residue Peptide Derived from Staphylococcal Nuclease
著者: Armstrong, A.A. / Amzel, L.M.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin (kappa) light chain
B: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
C: Immunoglobulin (kappa) light chain
D: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
E: Immunoglobulin (kappa) light chain
F: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
G: Immunoglobulin (kappa) light chain
H: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
X: Thermonuclease
Z: Thermonuclease
W: Thermonuclease
Y: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,53319
ポリマ－194,37212
非ポリマー1617
水1,11762
1
A: Immunoglobulin (kappa) light chain
B: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
W: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6395
ポリマ－48,5933
非ポリマー462
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
C: Immunoglobulin (kappa) light chain
D: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
X: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6164
ポリマ－48,5933
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
3
E: Immunoglobulin (kappa) light chain
F: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
Y: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6395
ポリマ－48,5933
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
4
G: Immunoglobulin (kappa) light chain
H: Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)
Z: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6395
ポリマ－48,5933
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.739, 131.040, 291.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Chain A, Chain B, Chain W form an intact Fab with liganded peptide / Chain C, Chain D, Chain X form an intact Fab with liganded peptide / Chain E, Chain F, Chain Y form an intact Fab with liganded peptide / Chain G, Chain H, Chain Z form an intact Fab with liganded peptide

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要素

#1: 抗体
Immunoglobulin (kappa) light chain


分子量: 23483.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#2: 抗体
Immunoglobulin (gamma) heavy chain (VH + CH1 fragment)


分子量: 23789.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 参照: UniProt: Q6PF95
#3: タンパク質・ペプチド
Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease


分子量: 1319.570 Da / 分子数: 4 / Fragment: Residues: 123-133 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesized using standard Fmoc chemistry
参照: UniProt: Q8NXI6, UniProt: P00644*PLUS, micrococcal nuclease
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 2000, 16% isopropanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: Pt coated toroidal Si mirror
放射モノクロメーター: Double flat Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 42035 / Num. obs: 42035 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries: 1f11, 2aju, 1f58, 1cr9

1f11

2aju

1f58

1cr9


解像度: 2.81→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 41.797 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.514 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29278 2175 5.2 %RANDOM
Rwork0.22074 ---
obs0.22451 39809 84.25 %-
all-41984 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13309 0 7 62 13378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.95518678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.09551733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30324.58524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.904152171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0221550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.25836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.29020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3380.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.58924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.136214233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61635505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6414.54445
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.806→2.879 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 160 -
Rwork0.299 2758 -
obs--80.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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