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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gsg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Fv fragment of a monoclonal antibody specific for poly-glutamine | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Fv / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / poly-glutamine | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Li, P. / Huey-Tubman, K.E. / West Jr., A.P. / Bennett, M.J. / Bjorkman, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The structure of a polyQ-anti-polyQ complex reveals binding according to a linear lattice model. 著者: Li, P. / Huey-Tubman, K.E. / Gao, T. / Li, X. / West Jr., A.P. / Bennett, M.J. / Bjorkman, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gsg.cif.gz | 103.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gsg.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gsg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12499.897 Da / 分子数: 2 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 抗体 | 分子量: 13330.936 Da / 分子数: 2 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 20% PEG 8000, 0.2M (NH4)2SO4, EVAPORATION, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 38667 / Num. obs: 37635 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 31.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3303 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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