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万見
- PDB-2gsd: NAD-dependent formate dehydrogenase from bacterium Moraxella sp.C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsd
タイトルNAD-dependent formate dehydrogenase from bacterium Moraxella sp.C2 in complex with NAD and azide
要素NAD-dependent formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (ALDEHYDE (D) / NAD+(A))
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella sp. (バクテリア)
手法X線回折 / MOLREP / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Sadykhov, I.G. / Shabalin, I.G. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of the apo and holo forms of formate dehydrogenase from the bacterium Moraxella sp. C-1: towards understanding the mechanism of the closure of the interdomain cleft.
著者: Shabalin, I.G. / Filippova, E.V. / Polyakov, K.M. / Sadykhov, E.G. / Safonova, T.N. / Tikhonova, T.V. / Tishkov, V.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9043
ポリマ－44,1991
非ポリマー7052
水3,261181
1
A: NAD-dependent formate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8096
ポリマ－88,3982
非ポリマー1,4114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area10860 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.450, 66.500, 75.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 44198.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moraxella sp. (バクテリア) / プラスミド: pMxFDH8a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O08375, EC: 1.2.1.43
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.8M Ammonium Sulfate, 5mM NAD, 5mM azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→73.52 Å / Num. all: 65949 / Num. obs: 28153 / % possible obs: 99.3 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 1.95→2.03 Å / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: 2NAD

2nad


解像度: 1.95→73.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.997 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18385 1422 5.1 %RANDOM
Rwork0.14231 ---
all0.159 65949 --
obs0.14441 26730 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.57 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.64 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.167 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→73.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3084 0 47 181 3312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0213222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9744391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4225398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61923.673147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03215506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9751523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.52048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65923188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55231359
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9124.51203
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 106 -
Rwork0.204 1961 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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