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- PDB-2gnn: Crystal Structure of the Orf Virus NZ2 Variant of VEGF-E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gnn
タイトルCrystal Structure of the Orf Virus NZ2 Variant of VEGF-E
要素Vascular endothelial growth factor homolog
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / VEGF / Orf / S-SAD / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor binding / positive regulation of mast cell chemotaxis / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / growth factor activity ...vascular endothelial growth factor receptor binding / positive regulation of mast cell chemotaxis / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / growth factor activity / positive regulation of angiogenesis / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / Vascular endothelial growth factor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Prota, A.E. / Pieren, M. / Wagner, A. / Kostrewa, D. / Winkler, F.K. / Ballmer-Hofer, K.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the Orf virus NZ2 variant of vascular endothelial growth factor-E. Implications for receptor specificity.
著者: Pieren, M. / Prota, A.E. / Ruch, C. / Kostrewa, D. / Wagner, A. / Biedermann, K. / Winkler, F.K. / Ballmer-Hofer, K.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Sulfur SAD at low resolution - Structure Determination of VEGF-E
著者: Wagner, A. / Pieren, M. / Kostrewa, D. / Schulze-Briese, C. / Ballmer-Hofer, K. / Prota, A.E.
履歴
登録2006年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Sequence in the entry is in accordance with Lyttle et al., J.Virol. 68, 1994, p.84-92

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor homolog
B: Vascular endothelial growth factor homolog
C: Vascular endothelial growth factor homolog
D: Vascular endothelial growth factor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,17524
ポリマ－57,0924
非ポリマー2,08220
水3,189177
1
A: Vascular endothelial growth factor homolog
B: Vascular endothelial growth factor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,90615
ポリマ－28,5462
非ポリマー1,36013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
2
C: Vascular endothelial growth factor homolog
D: Vascular endothelial growth factor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2699
ポリマ－28,5462
非ポリマー7237
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.600, 98.600, 240.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細Two biologically active, disulfide linked homodimers are present in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質
Vascular endothelial growth factor homolog


分子量: 14273.079 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orf virus (strain NZ2) (ウイルス)
属: Parapoxvirus / 生物種: Orf virus / 株: NZ2 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P52584
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.10419 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.902153 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.6 M Ammonium sulfate, 3% PEG 4K, 0.1 M Sodium citrate, 0.3% Benzamidine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.00017
シンクロトロンSLS X06SA21.698383
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2004年7月27日
MAR CCD 165 mm2CCD2004年7月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000171
21.6983831
ReflectionAv σ(I) over netI: 30.11 / 数: 678251 / Rmerge(I) obs: 0.081 / D res high: 3 Å / Num. obs: 44146 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1048113899.910.027
610442099.910.038
56406099.410.049
45921599.410.059
3.84313999.410.087
3.73.818139910.103
3.63.7202198.910.136
3.53.6224997.810.154
3.43.5251797.310.192
3.33.4275495.210.254
3.23.3319297.410.309
33.2756495.710.456
反射解像度: 2.3→48.48 Å / Num. obs: 52820 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 57.637 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.58
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % possible obs: 85.4 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured obs: 39132 / Num. unique all: 6199 / Num. unique obs: 5379 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.765 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2687 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.224 ---
obs0.224 52820 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----3.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2831 0 132 177 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.252.0194074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0525363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.61924.38121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60115520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6281523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.07521909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.34733037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2934.51203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.72561037
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 180 -
Rwork0.314 3644 -
obs-3824 98.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.44672.1087-0.25722.7233-0.99675.06950.12610.481-0.429-0.34690.31830.32920.306-1.2029-0.4444-0.22150.0049-0.10560.09970.0469-0.264616.289361.031717.1659
210.70972.9102-0.63292.3802-0.30541.48630.12010.48040.096-0.11830.16020.3088-0.2477-0.9592-0.2803-0.18620.0986-0.03550.11150.0935-0.322121.227968.92223.9264
37.55991.4297-2.72683.47050.72826.48730.4866-1.15740.2640.30490.1261-0.7003-0.65261.6912-0.61270.0231-0.23560.01260.0884-0.176-0.152464.134880.826912.7494
49.56193.437-2.46093.5629-0.47083.72450.3691-0.82110.63260.1550.0753-0.432-0.99191.2021-0.44440.0875-0.2630.06830.0324-0.2487-0.156855.098483.504625.7727
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA11 - 1097 - 105
22BB13 - 1079 - 103
33CC11 - 1107 - 106
44DD14 - 10610 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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