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万見
- PDB-2gn5: REFINED STRUCTURE OF THE GENE 5 DNA BINDING PROTEIN FROM BACTERIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gn5
タイトルREFINED STRUCTURE OF THE GENE 5 DNA BINDING PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE FD
要素GENE V PROTEIN
キーワードDNA BINDING (VIRAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage M13, G5P, DNA-binding / Helix-destabilising protein / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-Binding protein G5P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brayer, G.D. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Refined structure of the gene 5 DNA binding protein from bacteriophage fd.
著者: Brayer, G.D. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: A Model for Intracellular Complexation between Gene-5 Protein and Bacteriophage Fd DNA
著者: Brayer, G.D. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1985
タイトル: Topological Comparison of Two Helix Destabilizing Proteins. Ribonucleasea and the Gene-5 DNA Binding Protein
著者: Brayer, G.D. / McPherson, A.
#3: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1984
タイトル: Cooperative Interactions of the Gene-5 Protein
著者: Brayer, G.D. / McPherson, A.
#4: ジャーナル: Biological Macromolecules and Assemblies / 年: 1984
タイトル: The Gene-5 Protein and its Molecular Complexes
著者: McPherson, A. / Brayer, G.D.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Mechanism of DNA Binding to the Gene 5 Protein of Bacteriophage Fd
著者: Brayer, G.D. / McPherson, A.
履歴
登録1986年1月13日処理サイト: BNL
置き換え1986年1月21日ID: 1GN5
改定 1.01986年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENE V PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6991
ポリマ－9,6991
非ポリマー00
水21612
1
A: GENE V PROTEIN

A: GENE V PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3982
ポリマ－19,3982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.080, 27.780, 42.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GENE V PROTEIN


分子量: 9699.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
属: Inovirus / 参照: UniProt: P69542
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 106.1077-1081
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
20.05 MTris-HCl1drop
320 %PEG40001drop
410 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 3905 / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 8747 / Rmerge F obs: 0.043 / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.217 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数682 0 0 12 694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.176
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.0390.161
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0170.043
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.120.523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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