PDB-2glz: Crystal structure of a formylmethanofuran dehydrogenase subunit e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2glz

タイトル

Crystal structure of a formylmethanofuran dehydrogenase subunit e-like protein (dhaf_2992) from desulfitobacterium hafniense dcb-2 at 1.45 A resolution

要素

similar to Formylmethanofuran dehydrogenase subunit E

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structures of three members of Pfam PF02663 (FmdE) implicated in microbial methanogenesis reveal a conserved alpha+beta core domain and an auxiliary C-terminal treble-clef zinc finger.
著者: Axelrod, H.L. / Das, D. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Bakolitsa, C. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. / Farr, C.L. / Feuerhelm, J. ...

履歴

登録	2006年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年1月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG: MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2glz.cif.gz	85.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2glz.ent.gz	67.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2glz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2glz_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2glz_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	2glz_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	2glz_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2glz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2glz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gviC 3d00C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a8i-4 3a8i-3 4a62-2 3imp-6 6rbf-4 1tro-1 3imp-2 3imp-4 2q0r-d 7l24-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 361000

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: similar to Formylmethanofuran dehydrogenase subunit E

B: similar to Formylmethanofuran dehydrogenase subunit E

ヘテロ分子

36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.425, 84.791, 100.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	similar to Formylmethanofuran dehydrogenase subunit E 分子量: 17577.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア) 株: DCB-2 / 遺伝子: ZP_01368882.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 68208641, UniProt: B8FYU2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.8 詳細: 0.2M MgCl2, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97905

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97905	1

反射

解像度: 1.45→29.894 Å / Num. obs: 71200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
1.45-1.49	4.6	0.729	1	24112	5186	0.729	99.9
1.49-1.53	7.4	0.63	1	37182	5034	0.63	99.9
1.53-1.57	7.6	0.493	1.5	37810	4965	0.493	100
1.57-1.62	7.6	0.374	2	36437	4772	0.374	100
1.62-1.67	7.6	0.298	2.5	35494	4652	0.298	100
1.67-1.73	7.6	0.257	2.9	34680	4545	0.257	100
1.73-1.8	7.7	0.201	3.7	33160	4329	0.201	100
1.8-1.87	7.7	0.161	4.5	32179	4192	0.161	100
1.87-1.96	7.6	0.145	4	30513	4026	0.145	100
1.96-2.05	7.7	0.111	6	29699	3877	0.111	100
2.05-2.16	7.6	0.102	6	27621	3656	0.102	100
2.16-2.29	7.5	0.09	6.5	26497	3516	0.09	100
2.29-2.45	7.7	0.074	8.1	25265	3291	0.074	100
2.45-2.65	7.7	0.066	8.8	23432	3059	0.066	100
2.65-2.9	7.6	0.058	10.4	21842	2856	0.058	100
2.9-3.24	7.6	0.052	11.5	19586	2574	0.052	100
3.24-3.74	7.5	0.05	11.6	17262	2287	0.05	100
3.74-4.59	7.5	0.047	12.9	14671	1968	0.047	99.8
4.59-6.48	7.3	0.045	12.9	11220	1545	0.045	99.8
6.48-29.89	6.5	0.045	12.2	5688	870	0.045	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.45→27.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.688 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	3593	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	71126	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	76	428	2839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.966	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	3	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.829	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.092	23.565	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.204	15	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.776	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.072	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.177	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.864	3	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.503	3	618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.66	5	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.323	8	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.661	11	940

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	260	-
R_work	0.27	4921	-
obs	-	5181	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0424	-0.194	-0.4747	1.2012	-0.1441	1.5542	-0.0072	-0.0403	0.0882	-0.0099	0.0242	-0.025	-0.1092	0.0394	-0.017	-0.2175	-0.005	0.0019	-0.1534	0.0055	-0.1194	32.878	11.877	20.712
2	0.8938	0.2253	0.2856	1.631	0.0699	1.6951	-0.0429	0.0703	-0.0403	-0.0393	0.0677	-0.0395	0.0651	0.0468	-0.0248	-0.2293	-0.0097	-0.0026	-0.1484	0.004	-0.1306	34.649	-12.239	28.211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 151

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)