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- PDB-2glw: The solution structure of PHS018 from pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2glw
タイトルThe solution structure of PHS018 from pyrococcus horikoshii
要素92aa long hypothetical protein
キーワードTRANSCRIPTION / RIFT BARREL / BIOINFORMATICS
機能・相同性Uncharacterised conserved protein UCP019240, SpoVT/AbrB-related / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / DNA binding / : / SpoVT-AbrB domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Coles, M. / Hulko, M. / Truffault, V. / Martin, J. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Common evolutionary origin of swapped-hairpin and double-psi beta barrels
著者: Coles, M. / Hulko, M. / Djuranovic, S. / Truffault, V. / Koretke, K. / Martin, J. / Lupas, A.N.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 92aa long hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3021
ポリマ－10,3021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 92aa long hypothetical protein / PhS018


分子量: 10302.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PHS018 / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 3256814, UniProt: O73971*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-SEPARATED NOESY
1212D NOESY
132HNHA
1433D 13C-SEPARATED NOESY
153CNH-NOESY
162NNH-NOESY
NMR実験の詳細Text: The representative structure is the minimised average structure.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5MM PHS018; 50MM PHOSPHATE BUFFER; 50MM NaCL; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5MM PHS018 U-15N; 50MM PHOSPHATE BUFFER; 50MM NaCL; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5MM PHS018 U-15N, 13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER; 50MM NaCL; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 80mM / pH: 5.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DMXBrukerDMX9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORNIH-2.9.7BRUNGER, A.T.精密化
X-PLORNIH-2.9.7BRUNGER, A.T.構造決定
XwinNMR3.5Bruker解析
NMRView5.0.15Johnson, B.A.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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