ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | SOLVE | 2.03 | 位相決定 | | RESOLVE | 2.03 | 位相決定 | | CNS | 1.1 | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 1.701 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.78→36.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.22 | 3213 | 9.8 % | random |
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Rwork | 0.198 | - | - | - |
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all | - | 32875 | - | - |
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obs | - | 32739 | 99.6 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 52.0256 Å2 / ksol: 0.390878 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 48.92 Å2 / Biso mean: 19.31 Å2 / Biso min: 7.51 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.18 Å2 | 0 Å2 | -1.38 Å2 |
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2- | - | 0.04 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.15 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.22 Å | 0.19 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.16 Å | 0.09 Å |
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Luzzati d res high | - | 1.78 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→36.47 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2739 | 0 | 0 | 275 | 3014 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_deg26.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_impr_deg0.83 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.78-1.86 | 0.265 | 385 | 9.7 | 0.223 | 3569 | 0.014 | 4096 | 3954 | 96.5 | 1.86-1.96 | 0.255 | 402 | 9.8 | 0.205 | 3682 | 0.013 | 4092 | 4084 | 99.8 | 1.96-2.08 | 0.234 | 388 | 9.4 | 0.2 | 3732 | 0.012 | 4127 | 4120 | 99.8 | 2.08-2.24 | 0.222 | 395 | 9.7 | 0.19 | 3682 | 0.011 | 4079 | 4077 | 100 | 2.24-2.47 | 0.232 | 412 | 10.1 | 0.196 | 3687 | 0.011 | 4103 | 4099 | 99.9 | 2.47-2.83 | 0.249 | 397 | 9.6 | 0.208 | 3725 | 0.012 | 4123 | 4122 | 100 | 2.83-3.56 | 0.217 | 401 | 9.7 | 0.199 | 3715 | 0.011 | 4117 | 4116 | 100 | 3.56-36.47 | 0.189 | 433 | 10.4 | 0.189 | 3734 | 0.009 | 4167 | 4167 | 100 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param | CNS_TOPPAR:dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top | | | | | |
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